结论：公司有6天假，员工上了12天班，公司只给一天假是否合法，这取决于多种因素，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度与劳动合同的约定

1. 公司规章制度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了员工的休假制度，包括每月应享有的假期天数，那么公司应当按照规章制度执行。
   • 若规章制度中未明确规定，或者规定与实际情况不符（如实际假期少于制度规定），则可能引发争议。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
   • 如果劳动合同中明确约定了员工的假期天数，公司应当按照合同约定执行。
   • 若合同未约定或约定不明确，则可能依据公司规章制度或相关法律法规来确定。

二、相关法律法规的规定

1. 法定假期：

   • 根据《劳动法》等相关法律法规，员工享有法定的休息休假权利，包括年假、病假、婚假、产假等。
   • 这些法定假期是员工依法应享有的，公司不得无故剥夺。

2. 加班与调休：

   • 如果员工因工作需要加班，公司应当按照法律规定支付加班费或安排调休。
   • 在本例中，员工上了12天班，若其中包含加班天数，公司应依法支付加班费或安排相应的调休。

三、具体分析

1. 若公司规章制度与劳动合同均未明确规定假期：

   • 在这种情况下，公司应依据相关法律法规和行业惯例来确定员工的假期天数。
   • 如果公司只给一天假，而员工认为应享有更多假期，可以与公司协商或向劳动监察部门投诉。

2. 若公司规章制度或劳动合同中规定了假期，但公司未执行：

   • 这属于公司违反规章制度或劳动合同的行为，员工有权要求公司按照规定执行。
   • 如果公司拒绝执行，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若员工加班未得到补偿：

   • 如果员工在12天班中有加班情况，且公司未支付加班费或安排调休，员工有权要求公司支付加班费或安排调休。
   • 加班费的计算通常依据员工的工资标准和加班时长来确定，具体计算公式为：加班费 = 工资标准 × 加班时长 × 加班费率（加班费率根据加班类型（如工作日加班、周末加班、法定节假日加班）和地区规定有所不同）。

四、建议

1. 与公司协商：

   • 员工可以首先与公司进行协商，明确假期天数和加班补偿问题，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。

3. 申请劳动仲裁：

   • 在必要时，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：公司有6天假，员工上了12天班，公司只给一天假是否合法，需根据公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来判断。员工在遇到此类问题时，应首先与公司协商，协商无果时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。