病事假扣款一般是在应发工资前进行扣除。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、病事假扣款的法律基础与性质
病事假扣款，实质上是用人单位根据劳动者请假情况，对其应得工资进行相应调整的一种行为。这种调整是基于劳动合同、用人单位规章制度以及相关法律法规的规定进行的。病事假期间，劳动者未提供正常劳动，因此用人单位有权根据规定扣除相应工资。从法律性质上看，病事假扣款属于工资支付管理的一部分，其扣除应在计算应发工资时进行考虑。
二、病事假扣款与应发工资的关系
应发工资是劳动者在正常工作情况下应得的全部工资报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。在计算应发工资时，用人单位需要考虑到劳动者的出勤情况、请假情况等因素。病事假扣款作为对劳动者请假期间工资的调整，自然应在计算应发工资前进行扣除。这样，应发工资才能准确反映劳动者在扣除请假期间的工资后，实际应得的工资报酬。
三、病事假扣款的具体操作与注意事项
扣除标准与依据：病事假扣款的扣除标准应依据劳动合同、用人单位规章制度以及相关法律法规的规定进行。一般来说，扣除标准应明确、合理，并确保不低于当地最低工资标准的一定比例（如80%），以保障劳动者在病事假期间的基本生活需求。
扣除时间与方式：病事假扣款应在计算应发工资时进行扣除，即先扣除请假期间的工资，再计算应发工资。扣除方式可以是按日扣除、按月扣除等，具体应根据用人单位的规章制度和实际情况进行确定。
透明与沟通：用人单位在扣除病事假工资时，应确保透明、公正，并与劳动者进行充分沟通。这有助于避免不必要的纠纷和误解，维护良好的劳动关系。
四、特殊情况下的处理
在某些特殊情况下，如劳动者因工伤或职业病需要请假治疗时，其病假工资的支付和扣除可能受到特殊法律法规的保护。此时，用人单位应严格按照相关法律法规的规定执行，确保劳动者的合法权益得到保障。
总结与建议：
病事假扣款一般是在应发工资前进行扣除的。用人单位在扣除病事假工资时，应确保扣除标准明确、合理，扣除时间与方式透明、公正，并与劳动者进行充分沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。