是的，特殊工时制度一般需要经过备案后才能使用。以下是对这一问题的详细解释：
一、特殊工时制度的定义与种类
特殊工时制度是相对标准工时制度而言的，它主要包括不定时工作制和综合计算工时工作制两种。不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围，无法按标准工作时间衡量、需机动作业而采取不确定工作时间的一种工时制度。综合计算工时工作制则是指因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
二、特殊工时制度备案的必要性
合法性要求：根据相关法律法规，企业实行特殊工时制度需要经过劳动行政部门的审批或备案。这是为了确保企业的用工行为符合法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。
保障劳动者权益：备案过程要求企业提供详细的用工方案、劳动者意见等材料，劳动行政部门会对此进行审查，确保特殊工时制度的实施不会损害劳动者的休息权、健康权等合法权益。
规范企业管理：备案制度有助于规范企业的用工管理，防止企业滥用特殊工时制度，随意延长劳动者的工作时间，从而维护劳动市场的秩序和稳定。
三、特殊工时制度备案的流程
虽然具体的备案流程可能因地区而异，但一般包括以下步骤：
企业申请：企业需要向当地劳动行政部门提交实行特殊工时制度的申请，并提供相关的用工方案、劳动者意见等材料。
劳动行政部门审查：劳动行政部门会对企业的申请进行审查，包括用工方案的合理性、劳动者意见的采纳情况等。
备案或审批：如果企业的申请符合法律法规的规定，劳动行政部门会予以备案或审批，并出具相应的证明文件。
公示与告知：企业需要在实行特殊工时制度前，将备案或审批结果公示，并告知劳动者相关情况，确保劳动者的知情权。
四、未备案使用特殊工时制度的后果
如果企业未经备案或审批擅自实行特殊工时制度，可能会面临以下后果：
行政处罚：劳动行政部门有权对企业进行行政处罚，包括罚款、责令改正等。
劳动者权益受损：未备案使用特殊工时制度可能导致劳动者的休息权、健康权等合法权益受到损害，企业可能需要承担相应的赔偿责任。
影响企业信誉：擅自实行特殊工时制度可能损害企业的信誉和形象，影响企业的长期发展。
建议：企业在实行特殊工时制度前，务必了解并遵守相关法律法规的规定，按照流程进行备案或审批。如果你在劳动工伤领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。