电商公司是可以进行特殊工时备案的。

从您提供的参考信息中，我们可以看到两个具体的案例：平顶山旭乐电子商务有限公司和重庆恒都康美电子商务有限公司，这两家电商公司都成功申请了特殊工时制度。

1. 法律依据：

   • 根据《劳动法》第三十九条的规定，以及原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》(劳部发[1994]503号)的规定，企业可以根据自身情况申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制。

2. 申请与审批流程：

   • 电商公司需要向当地的人力资源和社会保障局提交《实行不定时工作制或综合计算工时工作制》的申请。
   • 申请中需要明确说明申请实行特殊工时制度的岗位、人数以及具体的工作制类型（不定时工作制或综合计算工时工作制）。
   • 人力资源和社会保障局会对申请进行审核，并根据实际情况作出批复。

3. 实施与监督：

   • 一旦申请获得批准，电商公司需要按照批复的内容和要求实施特殊工时制度。
   • 实施过程中，需要确保员工的休息权利和工作任务的完成，采取适当的工作、休息方式。
   • 同时，实施情况需要接受人力资源和社会保障局的监督，确保合规性。

4. 注意事项：

   • 实行不定时工作制的员工，其每天的实际工作时间应与法定标准工作时间基本相同，且平均每周至少休息一天。
   • 实行综合计算工时工作制的员工，其平均日工作时间和综合计算周期内的工作天数应与法定标准工作时间基本相同。
   • 如果因工作需要延长工作时间，必须严格执行《劳动法》中关于加班程序、加班时间及加班费计算标准的规定。

综上所述，电商公司完全可以根据自身业务特点和员工需求，申请并实行特殊工时制度。但需要注意的是，在申请和实施过程中，必须严格遵守相关法律法规和政策要求，确保员工的合法权益得到保障。