可以，分公司可以在符合一定条件下申请特殊工时制度，但需根据分公司的法律地位和授权情况具体分析。以下是详细说明：

1. 分公司具有独立营业执照时
   若分公司已领取营业执照并具备独立用工主体资格（如独立签订劳动合同、缴纳社保等），可以自身名义向当地人力资源和社会保障部门申请特殊工时制度（如综合计算工时制或不定时工作制）。此时需提交的材料与总公司申请类似，包括：

   • 分公司营业执照副本；
     
   • 申请报告（说明岗位性质、工时安排理由）；
     
   • 职工代表大会或工会意见（需履行民主程序）；
     
   • 劳动合同样本（体现工时约定）；
     
   • 考勤及工资支付制度等。

2. 分公司无独立营业执照时
   若分公司未领取营业执照或仅作为总公司的分支机构运营（如财务、人事由总公司统一管理），则需以总公司名义申请，并在申请材料中明确分公司的用工情况（如涉及岗位、人员数量等）。此时审批通过后，特殊工时制度的适用范围可覆盖该分公司相关岗位。

3. 关键注意事项

   • 授权问题：若分公司以自身名义申请，需确保总公司已通过内部决议（如董事会决议）授权分公司办理相关手续；
     
   • 地域差异：部分地区可能要求分公司申请时提供总公司的书面同意文件，建议提前咨询当地人社部门；
     
   • 劳动合规：无论以谁名义申请，均需确保符合《劳动法》《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等规定，避免因程序瑕疵导致审批被拒或后续劳动纠纷。

建议：申请前先确认分公司的法律地位（是否独立用工主体），并梳理涉及岗位的具体工时需求（如是否因季节性、临时性工作需要综合计算工时）。如有疑问，可进一步提供分公司登记信息及用工模式细节，我会帮你分析具体操作路径。