结论：员工合同工资低，后面调高工资了，在涉及赔偿问题时，一般按照实际履行的工资标准，即调高后的工资来计算赔偿，但具体还需根据实际情况和法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同约定与实际履行不一致的情况
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。然而，在实际操作中，劳动合同的约定与实际履行情况可能会存在不一致，如工资标准的调整。
实际履行原则：
- 在劳动合同履行过程中，如果双方实际履行的工资标准与劳动合同约定不一致，且这种不一致是双方协商一致的结果，或者用人单位有充分的证据证明工资标准的调整是合理的，那么在实际发生争议时，通常会以实际履行的工资标准为准。
赔偿计算：
- 在涉及赔偿问题时，如经济补偿金、赔偿金等，如果员工的实际工资高于劳动合同约定的工资，那么赔偿的计算通常会以实际工资为准。这是因为赔偿的目的是为了弥补员工因用人单位的违法行为或违约行为所遭受的损失，而实际工资更能反映员工的实际收入水平。
二、工资调整未变更劳动合同的情况
书面变更要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。如果工资调整未通过书面形式变更劳动合同，但在实际履行中已经按照新的工资标准支付，且双方对此无异议，那么在实际发生争议时，也可能会被认定为双方已经协商一致变更了劳动合同。
证据收集：
- 如果工资调整未变更劳动合同，且在实际履行中发生争议，那么员工需要收集相关证据来证明工资标准的调整是双方协商一致的结果，或者用人单位单方面调整了工资标准且员工已经接受。这些证据可能包括工资条、银行转账记录、聊天记录等。
三、特殊情况下的赔偿计算
低于最低工资标准：
- 如果员工的实际工资低于当地最低工资标准，那么用人单位需要按照最低工资标准支付工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。在涉及赔偿问题时，如经济补偿金等，也会以最低工资标准为基础进行计算。
违法解除劳动合同：
- 如果用人单位违法解除劳动合同，需要支付赔偿金。赔偿金的计算通常以员工离职前十二个月的平均工资为准。如果在这十二个月内工资标准有所调整，那么需要按照实际调整后的工资标准进行计算。
建议：在实际操作中，为了避免争议和纠纷，用人单位和员工应当尽量保持劳动合同的约定与实际履行情况一致。如果工资标准需要调整，应当及时通过书面形式变更劳动合同，并保留好相关证据。如果发生争议或纠纷，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。