结论前置：若用人单位未经与劳动者协商一致，擅自将劳动合同中约定的双休修改为单休，劳动者有权申请劳动仲裁以维护自身权益。
详细分析：
法律依据与合同变更原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者需协商一致方可变更劳动合同内容，且变更应采用书面形式。这意味着，任何对劳动合同内容的实质性变动，包括工作时间的调整，都需双方同意并书面确认。
- 若用人单位未经协商擅自变更工作时间，违反了劳动合同的约定或法律法规，该变更可能被视为无效，依据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条的规定。
双休变单休的合法性分析：
- 劳动合同明确约定双休：若劳动合同中已明确约定工作时间为双休，用人单位未经协商和劳动者同意擅自改为单休，这明显构成了对劳动合同内容的违法变更。在此情况下，劳动者完全有权申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 工作时长与休息权益：即使劳动合同未明确写明双休，但根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应保障劳动者每周至少休息一日。若变更工作时间导致劳动者休息时间减少，且未依法支付加班费或补偿，这同样构成对劳动者权益的侵害，劳动者可依法申请仲裁。
- 特殊情况：当然，也存在一些特殊情况。若公司执行做六休一但确保每周工作时长不超过44小时，且依法缴纳社保、发放加班工资，那么这种变更并不构成对劳动者权益的侵害，劳动者不能仅凭此理由申请仲裁。
申请仲裁的注意事项：
- 证据收集：在申请仲裁前，劳动者应充分收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证以及用人单位关于变更工作时间的通知等。这些证据将有助于证明用人单位的单方面变更行为及由此造成的损害。
- 仲裁程序：劳动者需向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并按照要求提供相应证据材料。劳动仲裁机构将依据双方提供的证据和法律规定进行公正裁决。
法律建议：
- 若你遇到了用人单位擅自变更工作时间的情况，首先应与用人单位进行协商，尝试通过沟通解决问题。
- 若协商无果，你可以收集相关证据，向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，保持冷静和理性，依法维权，避免采取过激行为。
可能法律后果：
- 若劳动仲裁机构认定用人单位的行为违法，可能会裁决用人单位恢复原工作时间安排，或支付相应的加班费及补偿。
- 若用人单位拒不执行仲裁裁决，劳动者还可以向人民法院申请强制执行。
总之，双休变单休是否合法，关键在于用人单位是否遵循了法律规定的程序和要求，以及是否充分保障了劳动者的合法权益。若用人单位未经协商擅自变更工作时间，劳动者有权依法申请劳动仲裁以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。