签订三方协议后工资的计算方式主要取决于协议中的具体约定以及相关法律法规的规定，以下分情况说明：

1. 协议中有明确工资条款
   若三方协议（通常指毕业生、用人单位、学校签订的就业协议）中明确约定了试用期工资、转正后工资、支付方式（如月薪、年薪）、支付时间等细节，则工资计算应严格按协议执行。例如：协议约定“试用期月薪8000元，转正后10000元，每月10日发放”，用人单位需按此标准支付，否则构成违约。

2. 协议未明确工资条款，但用人单位有承诺
   若协议未写明工资，但用人单位在招聘公告、面试沟通或录用通知中明确承诺了工资标准（如“月薪不低于1万元”），该承诺可视为协议补充内容，具有法律效力。若用人单位实际支付低于承诺，劳动者可要求补足差额。

3. 协议和承诺均未明确工资
   根据《劳动合同法》第十一条，若未约定工资且无法通过补充协议确定，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或集体合同未规定的，实行同工同酬。例如：同岗位员工月薪为9000元，则新员工工资也应按此标准计算。

4. 试用期工资的特殊规定
   即使三方协议未单独约定试用期工资，根据《劳动合同法》第二十条，试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资的80%，或不得低于劳动合同约定工资的80%，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。例如：转正后工资10000元，则试用期工资至少为8000元。

温馨提示：

• 三方协议虽非劳动合同，但具有法律约束力，用人单位不得随意降低工资标准。
  
• 若发现工资计算与约定不符，可先与用人单位协商；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 签订协议前，务必仔细阅读工资条款，避免模糊表述（如“按公司规定执行”），必要时可要求补充明确。
  

如有其他细节需要进一步分析（如协议中的“违约金”“服务期”等条款对工资的影响），欢迎随时向我咨询。