在工伤认定行政诉讼期间，劳动仲裁程序一般应中止。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《劳动人事争议仲裁办案规则》第四十七条：该条款明确规定，当“案件审理需要以其他案件的审理结果为依据，且其他案件尚未审结的”时，可以中止案件审理。在工伤认定行政诉讼期间，工伤认定的结果对劳动仲裁案件中关于工伤赔偿等争议的处理具有决定性影响，因此符合这一法定中止情形。
《中华人民共和国行政诉讼法》第五十六条：虽然该条款主要规定的是诉讼期间不停止行政行为的执行，但并未直接涉及劳动仲裁程序的中止问题。然而，它为我们理解行政行为在诉讼期间的效力提供了背景，即行政行为在诉讼期间可能处于待定状态，这也间接支持了劳动仲裁程序在中止以等待工伤认定最终结果的合理性。
《工伤保险条例》第三十一条：该条款指出，在行政复议和行政诉讼期间，不停止支付工伤职工治疗工伤的医疗费用。这一规定虽未直接涉及劳动仲裁程序的中止，但强调了工伤认定结果对后续待遇支付的重要性，进一步支持了在中止劳动仲裁程序以等待工伤认定最终结果的做法。
二、司法实践
在实际操作中，仲裁委员会在得知工伤认定正在进行行政诉讼后，通常会按照规定作出中止仲裁程序的决定，并向当事人发送书面通知，说明中止原因及预计恢复时间等相关事项。这样做能够确保仲裁裁决的准确性和公正性，避免因工伤认定结果的不确定性而导致仲裁结果的不稳定和不合理。
三、中止仲裁程序的意义
确保裁决准确性：中止劳动仲裁程序能够确保仲裁裁决的准确性和公正性。如果在工伤认定行政诉讼结果出来之前就进行仲裁裁决，一旦后续行政诉讼改变了工伤认定的结论，之前的仲裁裁决就可能出现错误，导致需要重新审理。
节约司法资源：避免因行政行为的不确定性而导致的仲裁结果不稳定，从而节约司法资源，减少当事人的负担。
四、特殊情况与少数观点
虽然存在少数观点认为仲裁委不应中止审理，理由是在行政行为未经有权机关撤销和中止之前，不停止行政行为的执行。然而，这种观点忽略了劳动仲裁程序的特殊性和工伤认定结果对其的决定性影响。在实际操作中，为了确保仲裁裁决的公正性和合法性，中止劳动仲裁程序是更为稳妥和合理的做法。
总结与建议：在工伤认定行政诉讼期间，劳动仲裁程序一般会中止。这是为了确保仲裁裁决的准确性和公正性，避免因工伤认定结果的不确定性而导致仲裁结果的不稳定和不合理。如果您或您的企业面临此类问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和应对策略。