员工影响公司利益是否可以仲裁，需分情况讨论，具体如下：
若员工行为构成违约或侵权，公司可申请劳动仲裁或提起民事诉讼
- 违约情形：若员工违反与公司签订的劳动合同中的保密义务、竞业限制条款等，给公司造成损失，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，向劳动仲裁机构申请仲裁，要求员工承担违约责任，赔偿公司损失。例如，员工泄露公司商业秘密，导致公司遭受重大经济损失，公司有权要求员工赔偿。
- 侵权情形：若员工的行为构成对公司财产权、知识产权等合法权益的侵害，公司可以依据《民法典》的相关规定，向人民法院提起民事诉讼，要求员工承担侵权责任。例如，员工故意损坏公司设备，公司可以要求员工赔偿设备损失。
若员工行为不构成违约或侵权，但影响公司正常运营，公司一般不能直接申请仲裁，但可依据内部规章制度处理
- 内部规章制度：公司应制定完善的内部规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施。若员工的行为违反公司规章制度，但未构成违约或侵权，公司可以依据规章制度对员工进行纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等。但需注意，公司规章制度需符合法律法规的规定，且需经过民主程序制定并公示，否则可能因程序违法而无效。
- 协商与调解：在处理此类纠纷时，公司应首先尝试与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。若协商不成，可以寻求工会或第三方调解机构的帮助，进行调解处理。
特殊情形下的仲裁与诉讼
- 涉及刑事犯罪：若员工的行为涉嫌刑事犯罪，如职务侵占、挪用资金等，公司应立即向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查和起诉。在此过程中，公司可以配合公安机关的调查工作，提供相关证据材料。
- 集体劳动争议：若多名员工的行为共同影响公司利益，且涉及人数较多、情况复杂，可能构成集体劳动争议。此时，公司可以依据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，向劳动仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。但需注意，集体劳动争议的处理程序相对复杂，公司需做好充分的准备和应对工作。
法律建议：
- 完善规章制度：公司应制定完善的内部规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，确保规章制度的合法性和有效性。
- 加强员工培训：公司应定期对员工进行法律法规和公司规章制度的培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 及时处理纠纷：一旦发现员工行为影响公司利益，公司应及时进行处理，避免损失扩大。在处理过程中，应注重证据的收集和保存，以便在仲裁或诉讼中维护自身权益。
可能后果：
- 若公司未能及时、有效地处理员工影响公司利益的行为，可能导致公司遭受更大的经济损失，甚至影响公司的正常运营和声誉。
- 若公司在处理纠纷过程中违反法律法规或内部规章制度，可能面临法律风险和内部管理风险。
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