公司对员工工作有争议时，可以申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与权利确认

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，用人单位（包括公司）与劳动者之间因劳动权利和义务产生的争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。这一法律规定明确赋予了公司提起劳动仲裁的权利。

二、适用情形与争议范围

劳动仲裁主要解决用人单位与劳动者之间的劳动争议，具体包括但不限于以下情形：

1. 因确认劳动关系发生的争议：例如，公司对员工是否属于本公司员工存在争议。
2. 劳动合同订立、履行、变更、解除和终止过程中产生的争议：如公司对员工是否违反劳动合同约定、是否应解除劳动合同等存在争议。
3. 因除名、辞退、辞职、离职等人事变动引发的争议：例如，公司对员工是否应被辞退、是否应支付经济补偿等存在争议。
4. 关于工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护等方面的争议：如公司对员工是否应享受某项福利、是否应支付加班费等存在争议。
5. 涉及劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等经济利益的争议：例如，公司对员工是否应支付工伤医疗费、是否应支付经济补偿等存在争议。

三、申请条件与准备

公司在提起劳动仲裁前需满足一定条件，并准备相应的材料：

1. 有明确的被申请人：即存在争议的员工。
2. 具体的仲裁请求：明确公司希望仲裁委员会裁决的事项，如确认劳动关系、支付经济补偿等。
3. 详实的事实理由：提供争议发生的事实经过和理由。
4. 相关的证据材料：如劳动合同、工资支付记录、考勤记录、工作记录等，以支持公司的仲裁请求。

同时，公司应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，以确保申请的时效性。

四、申请流程与程序

1. 准备材料：公司需撰写仲裁申请书，并收集相关证据材料以支持其仲裁请求。
2. 提交申请：将仲裁申请书及证据材料提交至有管辖权的劳动争议仲裁委员会。
3. 审查受理：仲裁委员会将对申请进行审查，并在决定受理后组织庭审。
4. 调解与裁决：在庭审中，仲裁委员会将对公司和劳动者双方的争议进行调解，如调解不成则作出裁决。

五、裁决效力与执行

劳动仲裁委员会作出的仲裁裁决具有法律效力。若公司对裁决结果无异议或未在规定时间内向人民法院提起诉讼，则应履行仲裁裁决所确定的义务。如公司拒不履行裁决，劳动者有权向人民法院申请强制执行，以确保裁决的履行。

六、注意事项

1. 及时行使权利：公司应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，避免超过时效。
2. 充分准备证据：公司应收集并整理相关证据材料，以支持其仲裁请求。
3. 遵循法定程序：公司应按照仲裁程序进行申请、答辩、举证等，以确保仲裁的顺利进行。

建议：若公司对员工工作有争议，并考虑通过劳动仲裁解决，建议公司及时咨询专业律师，以确保申请的合法性和有效性。同时，公司也应积极与员工进行沟通协商，争取通过和解方式解决争议，以维护劳动关系的和谐稳定。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。