员工违规时，公司一般不能直接申请劳动仲裁，但可以依据违规情况采取相应措施，若因此引发劳动争议且符合劳动仲裁受理范围，则可申请仲裁。以下从不同角度详细分析：
可以申请劳动仲裁的情况
因员工违规导致劳动合同解除争议
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若公司因员工违规解除劳动合同，而员工对此有异议，认为公司解除行为违法，双方就劳动合同解除的合法性产生争议，这属于劳动仲裁的受理范围。
- 举例：公司规章制度明确规定员工不得在工作场所吸烟，否则视为严重违反规章制度，公司有权解除劳动合同。某员工在工作场所吸烟，公司依据规定解除了与该员工的劳动合同。员工认为公司解除行为违法，此时公司或员工都可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以确定解除劳动合同的行为是否合法。
因员工违规造成公司损失，涉及劳动报酬扣减等争议
- 法律依据：根据相关劳动法规，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若公司因员工违规造成损失，按照规定扣减员工工资，而员工对扣减金额或扣减行为有异议，双方产生争议，可申请劳动仲裁。
- 举例：某员工在操作机器时因违规操作导致机器损坏，公司维修机器花费了一定费用。公司依据规定从该员工当月工资中扣减了部分费用作为赔偿。员工认为公司扣减的金额过多，此时双方就可以就工资扣减问题向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
不可以申请劳动仲裁的情况
员工违规行为与劳动争议无关
- 说明：如果员工的违规行为完全是个人行为，与工作无关，且没有引发与劳动权利和义务相关的争议，那么公司不能就此申请劳动仲裁。例如，员工在下班后的私人生活中违反了社会公德或法律法规，但这种违规行为并没有影响到其在公司的工作，也没有导致公司与员工之间产生劳动争议，此时公司不能通过劳动仲裁来解决该问题。
不属于劳动仲裁受理范围的其他违规争议
- 说明：对于一些虽然与员工违规有关，但不属于劳动争议范畴的纠纷，公司也不能申请劳动仲裁。比如，员工与公司之间因员工违规而产生的借款纠纷（如果借款行为与工作无关），公司应通过民事诉讼等其他途径来处理，而不是向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
申请劳动仲裁的注意事项
- 时效要求：劳动仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。公司应在规定的时效内申请劳动仲裁，以维护自身的合法权益。
- 证据准备：在申请劳动仲裁时，公司需要准备充分的证据材料，如劳动合同、公司规章制度、员工违规的证据（如监控录像、证人证言等）、因员工违规造成损失的相关证明等，以证明劳动关系的存在以及员工违规行为与劳动争议的关联性。
- 仲裁申请流程：公司需按照仲裁机构的要求提交书面仲裁申请，并等待仲裁机构的受理和裁决。仲裁申请应写明申请人和被申请人的基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容。
综上所述，员工违规时公司能否申请劳动仲裁取决于违规行为是否引发了符合劳动仲裁受理范围的劳动争议。如果公司在处理员工违规问题时遇到相关法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。