结论：因员工自身迟到早退旷工导致工资低于最低工资标准，是否合法取决于多个因素，包括用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。以下是对此问题的详细分析：
规章制度明确且合理：
- 用人单位应依法制定内部规章制度，明确规定迟到、早退、旷工的扣薪标准。这些规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知。
- 扣薪标准应公平合理，不能明显侵害劳动者权益。例如，扣罚的金额应与员工的过错程度相适应，且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。若因迟到早退旷工导致工资扣除后低于最低工资标准，且这种扣除是基于不合理的规章制度或扣罚标准，则这种行为是不合法的。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到、早退、旷工属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，该条款也需公平合理，且与规章制度相一致。
- 如果劳动合同中的扣薪约定违反了法律法规的强制性规定，或者扣罚标准过高导致员工工资低于最低工资标准，那么这种约定也是不合法的。
扣罚合理性的具体考量：
- 扣除的金额一般不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（具体比例可能因地区或行业而异，但通常不应过高），且扣除后的剩余工资必须确保不低于当地最低工资标准。这是保护劳动者基本生活需求的重要法律原则。
- 如果用人单位的扣罚行为导致员工工资低于最低工资标准，且这种扣罚没有合理的依据或程序，那么员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
员工权益保护建议：
- 面对不合法的扣工资行为，员工首先应尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 在必要时，员工还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。
示例说明：
假设某员工的月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工因迟到早退被扣除了1500元工资，导致其当月工资仅为1500元，低于最低工资标准。在这种情况下，如果用人单位的扣罚行为没有合理的依据或程序（如规章制度未公示、扣罚标准过高且未与员工协商等），则这种行为是不合法的。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发工资差额并可能获得相应的赔偿。
总之，因员工自身迟到早退旷工导致工资低于最低工资标准是否合法，需要综合考虑用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。