员工迟到早退扣工资在一定条件下是合法的，但必须符合规章制度明确、程序合法、扣罚合理等条件。若用人单位违反这些条件，扣工资行为则可能不合法。以下是对这一问题的详细分析：
合法的条件
规章制度明确且合理：
- 用人单位应依法制定内部规章制度，明确规定迟到早退的扣薪标准。这一标准应当公平合理，不能明显侵害劳动者权益，通常应考虑企业实际情况、行业惯例及迟到早退对工作的影响程度。例如，可以规定迟到或早退一定时间内扣减一定比例的工资，但扣减比例应合理，不能过高。
- 规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知。这是确保规章制度合法性的重要步骤，也是员工了解并遵守规章制度的前提。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到早退属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，该条款也需公平合理。这意味着，劳动合同中的扣薪约定应与规章制度相一致，且不能违反法律法规的强制性规定。
扣罚合理：
- 扣工资的额度应当合理，确保扣罚金额与员工的过错相适应。一般来说，扣除的金额不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（如20%），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。这是保护劳动者基本生活需求的重要措施。
不合法的情形
无规章制度或程序不合法：
- 用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣工资的行为不合法。在这种情况下，员工有权拒绝扣罚，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
扣罚标准过高或不合理：
- 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。扣罚标准应与实际情况相符，不能明显偏高或偏低。例如，不能因为员工迟到几分钟就扣减其整天的工资。
员工权益保护
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以向法院提起诉讼。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第四条：用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条：规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任，包括未及时足额支付劳动报酬、低于当地最低工资标准支付劳动者工资等情形的处理。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
综上所述，员工迟到早退扣工资是否合法取决于多个因素的综合考量。用人单位应确保规章制度的合法性、合理性和透明性；员工也应了解自己的权益和维权途径，并在必要时依法维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。