支部书记到外单位挂职两年，一般不能继续主持原支部工作。以下从不同角度进行分析：

一、从组织原则和职务职责的角度

支部书记作为党组织的负责人，其主要职责是主持党支部的日常工作，包括组织党员学习、开展组织生活、管理党员等。当支部书记到外单位挂职时，其工作重心和职责已经发生了转移，通常需要全身心地投入到挂职单位的工作中，难以再兼顾原支部的工作。因此，从组织原则和职务职责的角度来看，支部书记在挂职期间一般不宜继续主持原支部工作。

二、从实际工作安排的角度

挂职锻炼通常是为了培养干部、促进交流而采取的一种临时性工作安排。在挂职期间，支部书记需要适应新的工作环境和任务要求，这往往需要投入大量的时间和精力。如果同时继续主持原支部工作，可能会导致精力分散，无法充分履行好挂职职责和原支部书记职责。因此，从实际工作安排的角度来看，也不宜让支部书记在挂职期间继续主持原支部工作。

三、从相关规定和惯例的角度

虽然具体的规定可能因地区和单位而异，但一般来说，党组织对于干部挂职期间的工作安排都有明确的规定或惯例。这些规定或惯例通常旨在确保挂职干部能够全身心地投入到挂职工作中，同时避免因为兼任多个职务而产生的利益冲突或管理混乱。因此，在没有明确规定允许的情况下，支部书记在挂职期间继续主持原支部工作可能并不符合相关规定或惯例。

建议：如果支部书记确实需要到外单位挂职，且挂职期间较长（如两年），那么原支部应当及时调整工作安排，选举新的支部书记或指定其他合适的党员代为主持工作。这样可以确保党支部的日常工作不受影响，同时也有利于挂职干部全身心地投入到新的工作中去。

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