结论前置：单位因档案转出不在单位而扣发绩效工资的行为，通常是违法的。以下从多个角度进行分析说明：
一、从劳动合同角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当按照劳动合同的约定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，也应当按照劳动合同的约定进行支付。如果劳动合同中并未明确约定档案转出与绩效工资发放之间的关联，那么单位扣发绩效工资就缺乏合同依据，属于违法行为。
二、从单位规章制度角度分析
即使单位有内部规章制度规定档案转出与绩效工资发放的关系，但这一规定也必须符合法律法规的规定，且不得违反公平、合理的原则。如果单位规章制度中的这一规定显失公平，或者未经民主程序制定、未向劳动者公示，那么该规定对劳动者不具有约束力，单位据此扣发绩效工资也是违法的。
三、从实际损失与因果关系角度分析
单位扣发绩效工资，通常需要证明其因档案转出不在单位而遭受了实际损失，并且这种损失与档案转出之间存在直接的因果关系。然而，在大多数情况下，档案转出并不会直接导致单位遭受经济损失，因此单位很难证明其扣发绩效工资的合理性。如果单位无法提供充分证据证明其损失及因果关系，那么其扣发绩效工资的行为就缺乏合法依据。
四、建议与后续行动
与单位协商：首先，您可以尝试与单位进行协商，了解单位扣发绩效工资的具体原因，并要求单位提供相关证据。如果单位无法提供充分证据，您可以要求单位立即补发绩效工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对单位的违法行为进行调查处理。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行处罚，并要求单位补发您的绩效工资。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门无法解决问题，或者您对劳动监察部门的处理结果不满意，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对您的仲裁请求进行审理，并作出裁决。如果裁决支持您的请求，单位必须履行裁决结果，补发您的绩效工资。
总结：单位因档案转出不在单位而扣发绩效工资的行为，通常是违法的。您有权要求单位补发绩效工资，并可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。