自收自支单位不按档案工资发放是否违法需分情况讨论，具体结论及处理方式如下：

1. 若单位存在合法理由调整工资结构（如绩效考核、岗位变动等）且程序合规，则不违法
   根据《劳动法》第四十七条，用人单位可根据本单位生产经营特点和经济效益，依法自主确定工资分配方式和工资水平。若单位通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定绩效考核制度，或因员工岗位变动、技能水平调整工资，且调整后的工资不低于当地最低工资标准，则属于合法行为。
   处理建议：员工可要求单位出示工资调整的合法依据（如制度文件、考核结果等），若单位无法提供或程序违法，可进一步主张权利。

2. 若单位无正当理由克扣工资（如未足额支付档案工资、擅自降低标准），则构成违法
   根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。若单位未按照劳动合同或档案工资标准足额发放，且无合法理由（如员工违纪、造成损失等），则属于违法行为。
   处理建议：

   • 协商解决：与单位沟通，要求补发差额工资并说明理由；
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或官网提交材料），要求查处违法行为；
     
   • 申请仲裁：若投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发工资及经济补偿金（如适用）。

3. 若单位以“自收自支”为由拒绝发放档案工资，需结合单位性质判断

   • 事业单位自收自支部门：若单位性质为事业单位，工资发放需遵循国家关于事业单位工资管理的规定（如岗位工资、薪级工资等）。即使自收自支，也不得随意降低档案工资标准，否则可能违反《事业单位人事管理条例》第三十二条。
     
   • 企业化管理的自收自支单位：若单位已实行企业化管理，工资分配可参照企业规则，但仍需遵守《劳动法》关于最低工资、足额支付等强制性规定。
     

温馨提示：

• 保留证据是关键：工资条、劳动合同、银行流水、单位通知等材料均可作为维权依据；
  
• 行动需及时：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
  

如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我提问，我会结合您的实际情况详细解答。