自收自支事业单位一般不可以不按照档案工资发放工资，但在特定情况下可能存在例外。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则：按照档案工资发放
自收自支事业单位作为事业单位的一种类型，其工资管理通常遵循事业单位工资管理的相关规定。档案工资是员工工资的重要组成部分，它记录了员工的工资级别、工资标准以及历次工资调整的情况，是员工工资发放的重要依据。因此，在正常情况下，自收自支事业单位应当按照员工的档案工资来发放工资。
二、可能存在的例外情况
尽管按照档案工资发放是原则，但在实际操作中，可能存在一些例外情况，导致自收自支事业单位不按照档案工资发放工资。这些例外情况主要包括：
单位经济效益不佳：如果自收自支事业单位的经济效益不佳，导致资金紧张，可能无法按照档案工资全额发放工资。在这种情况下，单位可能会根据实际情况，对员工的工资进行适当调整，如降低工资标准、延迟发放工资等。但需要注意的是，这种调整应当符合相关法律法规的规定，不能随意降低员工的工资水平。
员工个人原因：如果员工存在旷工、迟到早退等违反单位规章制度的行为，或者员工的工作表现不佳，单位可能会根据相关规定，对员工的工资进行扣减或调整。但这种扣减或调整应当有明确的规章制度作为依据，并且应当事先告知员工。
政策调整或改革：随着国家政策的调整或事业单位改革的推进，自收自支事业单位的工资管理制度也可能发生变化。在这种情况下，单位可能会根据新的政策或改革要求，对员工的工资进行调整。但这种调整应当符合国家法律法规和政策的规定，并且应当经过合法的程序。
三、法律建议
了解单位规章制度：员工应当了解自己所在单位的工资管理制度和规章制度，明确自己的工资构成和发放标准。如果单位存在不按照档案工资发放工资的情况，员工可以首先查阅相关规章制度，了解单位是否有合法的依据进行工资调整。
与单位协商：如果员工认为单位不按照档案工资发放工资的行为不合理或违法，可以与单位进行协商，要求单位按照档案工资发放工资。在协商过程中，员工可以提供自己的档案工资记录和相关法律法规作为依据。
寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。劳动监察部门有权对单位的工资发放情况进行监督和检查，并可以依法对违法行为进行处罚。同时，员工也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
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