档案不在单位，并不直接影响单位发放基本工资的义务。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

1. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一义务是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系，而非档案是否存放在单位。因此，即使档案不在单位，只要劳动者与用人单位存在劳动关系，用人单位就有义务支付基本工资。

2. 档案与工资的关系：档案是记录个人学习、工作经历等信息的文件，它对于个人职业发展、职称评定等方面有重要作用。然而，档案的存放地点并不直接决定工资的支付。工资的支付是基于劳动合同和劳动法的规定，与档案的存放无直接关联。

实际情况角度

1. 档案托管与工资支付：在实际操作中，有些单位可能会要求员工将档案托管在单位或指定的机构，但这通常是为了方便管理或满足某些特定要求，如职称评定、社保缴纳等。然而，这并不意味着档案不在单位，单位就可以不支付工资。工资的支付与档案的存放是两个独立的问题。

2. 特殊情况处理：如果因为某些特殊原因（如单位搬迁、档案遗失等）导致档案不在单位，但劳动者与用人单位的劳动关系仍然存在，且劳动者正常提供了劳动，那么用人单位仍然需要支付工资。在这种情况下，如果单位拒绝支付工资，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。

建议与提醒

1. 保留证据：如果遇到档案不在单位但单位拒绝支付工资的情况，劳动者应当保留好与用人单位的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在需要时证明自己的劳动关系和工资支付情况。

2. 及时沟通：在遇到问题时，劳动者应当及时与用人单位沟通，了解单位拒绝支付工资的具体原因，并尝试通过协商解决问题。如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。

3. 寻求法律帮助：如果劳动者对法律问题不太了解或感到困惑，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结来说，档案不在单位并不影响单位发放基本工资的义务。如果遇到相关问题，劳动者应当保留好证据，及时与用人单位沟通，并在必要时寻求法律帮助。