结论：劳动关系不在本单位的情况下，是否可以发工资需分情况讨论，具体如下：

1. 劳动关系与工资支付主体分离的合法情形
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，工资支付主体通常应为与劳动者建立劳动关系的用人单位。但存在以下例外：

   • 劳务派遣：若劳动者与派遣单位（A公司）建立劳动关系，但被派遣至用工单位（B公司）工作，此时工资可由A公司支付，也可由B公司根据派遣协议代发（需明确约定）。
     
   • 关联企业代发：若用人单位（如母公司）委托关联企业（如子公司）代发工资，需满足两个条件：
     
     1. 劳动者与用人单位存在合法劳动关系；
        
     2. 代发行为基于双方书面约定或行业惯例（如集团内部资金调拨）。
        
   • 特殊用工形式：如非全日制用工、共享用工等，若符合《劳动合同法》规定，工资可由实际用工单位支付，但需明确劳动关系归属。

2. 劳动关系与工资支付主体分离的违法风险
   若用人单位试图通过“劳动关系与工资支付分离”规避法律责任（如逃避社保缴纳、工伤赔偿等），可能面临以下风险：

   • 被认定为事实劳动关系：若实际用工单位对劳动者进行日常管理、支付工资，且劳动者提供的劳动是实际用工单位业务的组成部分，可能被认定为存在事实劳动关系，需承担用人单位义务（如补缴社保、支付经济补偿等）。
     
   • 行政处罚：根据《劳动保障监察条例》，用人单位若存在“未依法支付工资”或“以其他形式逃避工资支付义务”的行为，可能被责令改正、罚款，甚至列入失信名单。
     
   • 民事赔偿：若因工资支付问题导致劳动者损失（如未及时支付导致生活困难），用人单位可能需承担赔偿责任。

3. 实务建议

   • 明确劳动关系归属：用人单位应通过书面劳动合同、派遣协议等文件，清晰界定劳动关系主体与工资支付主体。
     
   • 避免“假外包、真派遣”：若采用劳务外包形式，需确保外包单位具备独立用工主体资格，且劳动者不受实际用工单位直接管理。
     
   • 保留支付凭证：无论由谁支付工资，均需保留转账记录、工资条等证据，以证明工资已足额支付。
     

总结：劳动关系不在本单位时，工资可由第三方支付，但需满足法律规定的条件（如劳务派遣、关联企业代发等）。若试图通过分离劳动关系与工资支付主体规避责任，可能面临法律风险。如有具体案例或疑问，可进一步向我咨询。