员工不在本公司发工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从合法与违法两个角度进行详细分析：
合法情况
存在合法委托代发关系：
- 若本公司受其他公司或单位委托，代为发放其员工工资，且存在正规的委托手续和法律程序，相关资金来源清晰合法，不涉及逃避法律义务或损害他人利益，那么这种代发行为是合法的。
- 例如，A公司因业务需要，委托本公司代发其部分员工的工资，双方签订了委托代发协议，明确了代发金额、时间等条款，且资金来源合法，这种情况下代发工资是合法的。
履行其他法律义务：
- 如本公司作为侵权方，根据法院判决书或调解书等法律文书，需要以工资形式定期向受害者支付赔偿款，这种支付行为也是合法的。
- 这种情况下，支付工资并非基于劳动关系，而是基于法律义务，因此不构成违法。
违法情况
虚构劳动关系骗取社保福利：
- 若本公司为非员工虚构劳动关系，并发放工资，进而为其缴纳社会保险，使非员工享受不应享受的社保待遇，骗取社会保险基金支出，这种行为是违法的。
- 根据《社会保险法》的相关规定，社会保险行政部门有权责令退回骗取的社会保险金，并处以罚款。
偷逃税款：
- 若本公司通过虚增成本、费用的方式给非员工发工资，以减少企业所得税缴纳，或帮助非员工虚报收入，使其少缴纳个人所得税，这种行为也是违法的。
- 根据《税收征收管理法》《企业所得税法》《个人所得税法》等相关法律法规，税务机关有权依法对公司进行处罚，包括追缴税款、加收滞纳金及罚款等。
洗钱或其他非法目的：
- 若本公司给非员工发工资以掩盖非法资金的来源和去向，将非法所得合法化，或为了行贿、挪用资金等其他非法目的而给非员工发工资，这种行为同样构成违法。
- 可能构成洗钱罪或其他相关犯罪，需承担刑事责任。
法律建议
- 明确支付背景和目的：公司在处理向非员工支付款项的事务时，应首先明确支付背景和目的，确保合规合法。
- 签订合法有效合同：若存在真实业务往来或合法委托代发等情形，应签订合法有效的合同，并严格按照合同约定支付报酬。
- 加强财务管理和审计：公司应加强内部财务管理和审计制度，确保所有支付行为均符合法律法规要求，避免不必要的法律风险。
若您对员工不在本公司发工资是否违法的问题仍有疑问，或遇到相关法律纠纷，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。