自收自支事业单位长期不按档案工资发放工资，这一行为是否合法，需结合具体情况及相关法律法规进行综合分析，一般情况下，不合法。以下从不同角度为您详细阐述：
一、从劳动合同或聘用合同的角度分析
合同约定：
- 自收自支事业单位与员工之间通常会签订劳动合同或聘用合同，明确双方的权利和义务，包括工资的发放标准、时间等。
- 如果合同中明确规定了按照档案工资发放，而单位长期不按此标准执行，则单位的行为构成违约。
法律后果：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位未按照劳动合同约定支付劳动报酬的，劳动者可以要求用人单位支付拖欠的工资，并有权解除劳动合同，同时要求用人单位支付经济补偿。
二、从事业单位工资管理制度的角度分析
工资管理制度：
- 自收自支事业单位虽然具有较大的自主权，但其工资管理制度仍需遵循国家及地方的相关规定。
- 档案工资通常是员工工资构成的重要组成部分，反映了员工的资历、职称、岗位等因素。
违规后果：
- 如果单位长期不按档案工资发放，可能违反了事业单位工资管理的相关规定，面临被相关部门责令改正、罚款等行政处罚。
三、从员工权益保护的角度分析
员工权益：
- 员工有权按照合同约定和法律规定获得相应的劳动报酬。
- 长期不按档案工资发放，损害了员工的合法权益，影响了员工的生活和工作积极性。
维权途径：
- 员工可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的合法性分析
- 虽然一般情况下不按档案工资发放工资是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，单位因经营困难、资金周转问题等暂时无法按档案工资发放，但已与员工协商并达成一致意见，且承诺在条件允许时尽快补发。在这种情况下，单位的行为可能不构成违法。但即便如此，单位也应尽快解决资金问题，确保员工的合法权益不受损害。
建议：
- 如果您所在单位存在长期不按档案工资发放工资的情况，建议您首先与单位进行沟通协商，了解具体原因并寻求解决方案。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在需要时提供证明。
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