结论：事业单位按照档案工资缴纳社保是否合法不能一概而论，需分情况讨论。以下从不同角度进行分析：

1. 若档案工资真实反映员工实际工资水平
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，用人单位应按员工实际工资总额（包括基本工资、奖金、津贴等）申报社保缴费基数。若事业单位的档案工资与员工实际收入完全一致（例如：档案工资包含所有应发项目，且无额外现金补贴或福利），则按档案工资缴纳社保是合法的。
   关键点：需确保档案工资的构成与社保缴费基数计算口径一致，且无隐瞒或低估收入的情况。

2. 若档案工资低于实际工资水平
   若事业单位仅以档案中的“基本工资”部分缴纳社保，而未将奖金、绩效、补贴等实际收入纳入缴费基数，则属于违法行为。
   法律依据：

   • 《社会保险法》第六十条：用人单位应自行申报、按时足额缴纳社保费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
     
   • 《社会保险费征缴监督检查办法》第十二条：缴费单位未按规定申报缴费基数的，由劳动保障行政部门责令改正，并可处罚款。
     后果：员工可向当地社保部门投诉，要求单位补缴差额；单位可能面临行政处罚，甚至影响员工退休待遇、工伤赔偿等权益。

3. 特殊情况：政策性调整或历史遗留问题
   部分事业单位可能因财政拨款限制、历史薪酬制度等原因，长期按档案工资缴纳社保。若此类情况符合地方性政策（如某些地区对事业单位的过渡性规定），且未被明确禁止，则可能暂不构成违法。但此类情形需结合具体政策文件和地方实践判断，且随着社保制度完善，此类“例外”会逐步减少。
   建议：员工可要求单位出示相关政策依据，或向当地人社局核实。

行动建议：

• 对员工：若怀疑单位未足额缴纳社保，可要求单位提供缴费基数明细，或携带劳动合同、工资条等材料向当地社保局查询缴费记录。
  
• 对单位：应定期自查社保缴费基数是否与员工实际收入一致，避免因违规操作引发劳动纠纷或行政处罚。
  

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