医院事业编工资比档案工资少，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若医院有合法理由且符合规定程序调整工资：
- 合法性分析：根据相关法律法规，事业单位的工资调整通常需遵循一定的程序和规定，包括但不限于绩效考核、岗位变动、政策调整等因素。如果医院因这些合法理由，且按照规定的程序对事业编员工的工资进行了调整，导致实际发放工资低于档案工资，那么这一行为是合法的。
- 具体情形：例如，员工因绩效考核不达标，医院根据内部规章制度对其工资进行了相应扣减；或者员工岗位发生变动，新岗位的工资标准低于原岗位，导致工资减少。在这些情况下，只要医院的操作符合相关规定和程序，就是合法的。
若医院无合法理由或未按规定程序调整工资：
- 违法性分析：如果医院没有合法理由，或者未按照规定的程序对事业编员工的工资进行调整，导致实际发放工资低于档案工资，那么这一行为可能构成违法。员工有权要求医院按照档案工资标准支付工资，并可能寻求法律途径维护自己的合法权益。
- 具体情形：例如，医院未经员工同意，擅自降低其工资标准；或者医院以不合理的理由扣减员工工资，如以罚款、捐款等名义。在这些情况下，员工可以依法向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的权益。
法律建议：
- 核实原因：如果员工发现自己的实际工资低于档案工资，首先应向医院人事部门或财务部门核实原因，了解工资调整的具体依据和程序。
- 沟通协商：如果员工认为医院的工资调整不合理或存在违法行为，可以与医院进行沟通协商，寻求解决方案。
- 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以寻求法律援助，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果医院的行为被认定为违法，可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 同时，医院还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
总结：医院事业编工资比档案工资少是否合法，取决于医院是否有合法理由且符合规定程序调整工资。员工在发现工资异常时，应积极核实原因并寻求解决方案，必要时可寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。