实发工资低于档案工资并不一定违法，但实发工资低于最低工资标准则是违法的。具体分析如下：

1. 实发工资与档案工资的关系：

   • 档案工资通常指的是记录在员工档案中的工资标准，它可能包括基本工资、津贴、奖金等各项收入的总和，是员工应得工资的一种理论上的计算方式。
   • 实发工资则是员工实际到手的工资，它可能因扣除个人所得税、社保费用、公积金等而低于档案工资。
   • 因此，实发工资低于档案工资并不一定表示用人单位存在违法行为，关键要看实发工资是否低于了法律规定的最低工资标准。

2. 最低工资标准的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 最低工资标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，并报国务院备案。

3. 实发工资低于最低工资标准的法律后果：

   • 如果用人单位支付的实发工资低于当地最低工资标准，则违反了《劳动法》的相关规定。
   • 劳动者有权向劳动行政主管部门进行申诉与投诉，请求用人单位在合理期限内予以补充支付所欠差额或申索相关补偿费用。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位低于当地最低工资标准支付劳动者工资的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬，并支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

综上所述，实发工资低于档案工资并不一定违法，但如果实发工资低于了当地最低工资标准，则用人单位存在违法行为，劳动者有权依法维护自己的合法权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。