结论：公司实发工资低于报税工资，并不直接等同于违法，关键在于这种差异是否基于合法的扣除项目和计算方式，或者是否存在故意少申报以逃避税收的情况。
一、合法情况分析
正常扣除差异：
- 报税工资通常是基于税法规定计算的应纳税所得额对应的工资总额，而实发工资则是扣除社保、公积金、个税等费用后的实际发放金额。因此，两者之间存在差异是常见的。
- 例如，如果员工的社保和公积金缴纳基数较高，或者享受了较多的专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等），那么实发工资很可能会低于报税工资。这种差异是合法的，不构成违法。
补发与调整情况：
- 有时候，公司可能会因为财务结算、工资调整等原因，在某个月份补发之前拖欠的工资或奖金，或者对工资进行临时性调整。这种情况下，报税工资可能会高于之前月份的实发工资，但只要补发或调整的部分在当月依法申报纳税，就是合规的。
二、违法情况分析
故意少申报以逃避税收：
- 如果公司为了降低税负，故意将报税工资报低，而实际发放给员工的工资高于报税工资，且未按照实际工资缴纳税款，这就构成了违法行为。这种行为违反了《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国个人所得税法》关于如实申报纳税的规定。
- 一旦被税务机关查实，公司会面临补缴税款、加收滞纳金以及罚款等处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
设置“两套账”：
- 有些公司可能会设置内外两套账，外账记录虚假的较低工资用于申报纳税，内账记录真实的较高工资发放情况。这种行为不仅违反税收法律法规，还可能涉及违反会计法等相关法律规定，属于严重的违法行为。
三、建议与应对措施
核实工资条与报税记录：
- 员工应仔细核对自己的工资条和公司的报税记录，确保两者之间的差异是合法的。如果发现实发工资低于报税工资且无法合理解释，应及时与公司财务部门沟通。
及时沟通与举报：
- 如果沟通无果且怀疑公司存在违法问题，员工有权向当地税务机关进行举报。税务机关会依法进行调查处理，并保护举报人的合法权益。
保留证据：
- 在沟通过程中，员工应保留好相关证据（如工资条、报税记录、沟通记录等），以便在需要时提供给税务机关或法律机构作为证明。
总结：公司实发工资低于报税工资并不一定违法，关键在于差异是否合法以及是否存在故意少申报以逃避税收的情况。员工应仔细核对工资条与报税记录，及时沟通并保留好相关证据。如果有任何疑问或发现违法问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。