公司只按最低工资报税是否合法，需分情况讨论：
若公司实际支付工资高于最低工资，但报税时仅按最低工资申报：
- 不合法。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税的计税依据是纳税人实际取得的收入。公司作为扣缴义务人，应当按照劳动者实际取得的工资薪金所得进行代扣代缴个人所得税。如果公司故意隐瞒劳动者实际收入，仅按最低工资标准申报纳税，这不仅损害了劳动者的合法权益，也违反了税收法律法规，可能面临税务机关的处罚。
若公司实际支付工资等于或低于最低工资，且按此标准报税：
- 在符合最低工资标准的前提下合法，但需关注其他潜在问题。如果公司由于经营困难等原因，确实只能按照最低工资标准支付劳动者工资，并且按照这一标准进行报税，那么从税收法律的角度来看，这种做法本身并不违法。但需要注意的是，公司必须确保劳动者的工资不低于当地政府规定的最低工资标准，否则将违反《中华人民共和国劳动法》中关于最低工资保障的规定。此外，即使工资等于最低工资，公司也应确保劳动者的其他合法权益不受侵害，如社会保险缴纳、加班费支付等。
法律建议：
- 对于劳动者：如果发现公司存在只按最低工资报税而实际支付更高工资的情况，应及时向公司提出异议，并要求公司按照实际工资进行报税。如果公司拒绝改正，劳动者可以向当地税务机关举报，以维护自己的合法权益。
- 对于公司：应严格遵守税收法律法规和劳动法律法规，按照劳动者实际取得的收入进行代扣代缴个人所得税，并确保劳动者的工资不低于最低工资标准。同时，公司还应加强内部管理，完善工资支付和报税制度，避免因违规操作而引发法律风险。
可能后果：
- 对于公司：如果违反税收法律法规和劳动法律法规，可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。同时，还可能因损害劳动者权益而面临劳动争议仲裁或诉讼的风险。
- 对于劳动者：如果公司违规操作导致劳动者个人所得税缴纳不足，劳动者可能需要补缴税款和滞纳金。但更重要的是，劳动者的合法权益可能受到侵害，如工资被低估导致社会保险缴纳不足等。
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