事业单位人员工资中，应发工资和档案工资的区别主要在于它们的定义、性质及应用场景。

1. 应发工资：

   • 定义：应发工资是指事业单位员工在某一时期内应获得的全部工资收入，包括基本工资、津贴补贴、奖金、绩效工资等所有构成部分。
   • 性质：它是员工实际应得的工资总额，但尚未扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等个人应缴纳的费用。
   • 应用场景：应发工资通常用于计算员工个人所得税的基数，也是员工实际到手工资（实发工资）的计算基础。

2. 档案工资：

   • 定义：档案工资，又称“档案中记载的工资”，是按照国家相关政策规定和事业单位工资制度，综合考虑工作人员的职务、职称、工龄、学历等因素确定的工资数额，并记录在个人人事档案中。
   • 性质：它并非实际发放到员工手中的工资，而是反映员工在某一时期内的工资水平和薪酬历史的重要组成部分，通常作为人事管理、薪酬调整、福利待遇计算及退休费计算等的重要依据。
   • 应用场景：
     • 人事管理：作为员工晋升、职称评定、薪酬调整等的重要参考。
     • 福利待遇计算：如住房补贴、医疗报销比例等往往与档案工资挂钩。
     • 退休费计算：在事业单位养老保险制度改革前，退休费直接基于档案工资计算；改革后，对于“中人”群体，档案工资在计算视同缴费指数时仍起作用。

综上所述，应发工资是员工实际应得的工资总额，而档案工资则是记录在员工人事档案中的工资标准，两者在定义、性质及应用场景上存在明显区别。在实际操作中，应发工资可能会因个人所得税、社会保险费等扣除而与档案工资存在差异。