特殊工时制下，星期六、星期日上班是否算双倍工资，主要取决于具体的工作安排、工时制度以及法律法规和合同约定，不一定支付双倍工资。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定：
- 休息日（通常指星期六、星期日）安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬，即双倍工资。
- 但同时，该法条也规定了其他两种加班情况下的工资支付标准，即延长工作时间支付百分之一百五十的工资报酬，法定节假日支付百分之三百的工资报酬。
二、特殊工时制度下的具体情况
综合计算工时工作制：
- 在这种制度下，工作时间以周、月、季、年为周期综合计算，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准相符。
- 如果星期六、星期日的工作时间被计入综合计算周期内，且总工作时间未超过法定标准，则这两天的工作不视为加班，因此不需要支付双倍工资。
- 如果总工作时间超过了法定标准，则超出部分应按照加班处理，可能涉及双倍或更高比例的工资支付，具体取决于超出时间和当地劳动行政部门的规定。
不定时工作制：
- 在这种制度下，劳动者的工作时间不固定，无固定上下班时间，通常完成工作任务即可。
- 星期六、星期日上班通常不视为加班，除非是在法定节假日工作。因此，在这种情况下，星期六、星期日上班一般不需要支付双倍工资。
三、合同约定与实际情况
- 如果劳动合同中有明确约定星期六、星期日上班支付双倍工资，或用人单位有相关规章制度规定，则应按约定或规定执行。
- 即使在没有特殊工时制度的情况下，如果用人单位在星期六、星期日安排劳动者工作，并且无法安排补休，那么根据《劳动法》的规定，用人单位也应当支付双倍工资。
四、建议与措施
对于劳动者而言，若认为自己在星期六、星期日上班应获得双倍工资而用人单位未支付，可采取以下步骤：
- 沟通协商：首先与用人单位沟通，了解原因并寻求解决方案。
- 收集证据：保留工资单、工时记录等相关证据，以备后续维权使用。
- 法律途径：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或举报，或寻求法律援助进行仲裁或诉讼。
综上所述，特殊工时制下星期六、星期日上班是否应支付双倍工资是一个复杂的问题，需根据具体情况综合考虑法律规定、工时制度、合同约定以及实际工作安排等因素来判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。