公司取消员工打卡权限是否违法，需视具体情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公司取消打卡权限不违法的情形
基于合理管理需要：
- 若公司出于合理的管理目的，如调整考勤方式（从打卡考勤改为线上签到或指纹考勤等）、优化考勤流程或进行系统升级等，且该行为未损害员工的合法权益，那么取消打卡权限通常不构成违法。
- 例如，公司为了提升考勤管理的效率和准确性，决定引入更先进的考勤系统，并因此取消了原有的打卡权限，但同时提供了其他等效的考勤方式供员工选择。
符合公司规定与员工知情同意：
- 如果公司在劳动合同、员工手册或其他规章制度中明确规定了有权在特定情况下取消打卡权限，并且员工对此表示知情和同意，那么公司的取消行为是合法的。
- 这种情况下，员工在入职时已签署相关文件，明确表示对公司取消打卡权限的规定无异议。
二、公司取消打卡权限可能违法的情形
损害员工权益：
- 影响工资核算与劳动报酬：打卡记录是核算员工工作时间和确定工资支付的重要依据。若公司取消打卡权限导致员工无法准确核对工作时间和应得工资，或使员工工资受到不合理扣减，则构成对员工获得劳动报酬权利的侵犯，属于违法行为。
- 影响休息休假权利：打卡记录还关系到员工的休息休假权益，如加班时间的认定、年休假天数的计算等。若取消打卡权限后无法准确确定这些情况，从而影响员工享受法定休息休假权利，同样构成违法。
逃避法律责任或掩盖违法事实：
- 若公司取消打卡权限是为了逃避劳动监察、税务检查等法律监管，或掩盖违反劳动法律法规的行为（如超时加班、未支付加班工资等），则此类取消行为显然是违法的。
三、法律建议与风险提示
公司应谨慎处理打卡权限：
- 公司在考虑取消打卡权限时，应充分评估其对员工权益的影响，并确保有合理的替代方案来保障员工的考勤权益。同时，公司应遵循相关法律法规和诚信原则，确保员工权益得到妥善保护。
员工应保护自身权益：
- 员工应意识到打卡记录（或等效考勤记录）的重要性，并采取措施保护自己的合法权益。如遇公司无故取消打卡权限导致权益受损，可依法向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
保留相关证据以备不时之需：
- 无论是公司还是员工，都应保留与考勤相关的证据，如打卡记录、考勤统计表、工资条等。这些证据在解决劳动争议时将发挥重要作用。
综上所述，公司取消员工打卡权限是否违法需根据具体情况判断。在合法合规的前提下进行取消操作，并注重保护员工权益，是构建良好劳动关系的关键。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。