核心结论：遇到工厂已将工资款项支付给劳务公司，但劳务公司未发放工资且跑路的情况，可通过以下途径解决：

1. 收集证据，固定事实
   首先需证明工厂已足额支付工资给劳务公司，以及劳务公司未向劳动者发放工资的事实。关键证据包括：

   • 工厂与劳务公司签订的劳务派遣协议或承包合同（明确工资支付条款）；
     
   • 工厂向劳务公司支付工资的转账记录、发票或收据；
     
   • 劳动者与劳务公司签订的劳动合同或用工协议（证明劳动关系）；
     
   • 劳动者考勤记录、工作证、工资条等证明未收到工资的材料；
     
   • 劳务公司跑路的证据（如办公场所关闭、负责人失联等）。

2. 向工厂主张权利
   根据《劳动合同法》第92条，若劳务公司（用人单位）拖欠工资，工厂（用工单位）需承担连带赔偿责任。即使工厂已支付款项给劳务公司，劳动者仍可要求工厂支付工资，工厂支付后可向劳务公司追偿。

   • 操作建议：直接向工厂提出书面索赔要求，明确金额和事实依据；若工厂拒绝，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，将工厂和劳务公司列为共同被申请人。

3. 追究劳务公司法律责任
   若劳务公司跑路构成恶意欠薪，可能涉嫌《刑法》第276条之一的拒不支付劳动报酬罪。劳动者可：

   • 向公安机关报案，提供劳务公司负责人身份信息、欠薪证据等；
     
   • 若公安机关立案，劳务公司财产可能被查封，欠薪有望追回；
     
   • 同时可向法院申请支付令或提起民事诉讼，要求劳务公司支付工资及赔偿金。

4. 申请法律援助或集体维权

   • 若劳动者人数较多，可推选代表向工会、法律援助中心求助，降低维权成本；
     
   • 通过集体仲裁或诉讼提高效率，形成证据链和舆论压力。

风险提示：

• 劳务公司若已注销或无财产，即使胜诉也可能面临执行困难，需尽快申请财产保全；
  
• 工厂可能以“已支付款项”为由抗辩，需重点证明工厂未尽到监督义务（如未核实劳务公司是否发放工资）。

行动建议：
立即整理证据，优先向工厂索赔（效率最高）；同时向劳动监察部门投诉并报案，多途径并行提高追回概率。如有疑问，可进一步提供细节，我会帮你分析具体操作步骤。