结论：在甲流期间公司仍要求继续上班，员工可以采取多种措施来保护自己的合法权益，包括与公司协商、向相关部门投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

详细分析：

1. 与公司协商：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有权拒绝在危险环境下工作，如果工作环境存在对劳动者生命健康构成威胁的情况，劳动者有权要求改善工作环境或采取必要的防护措施。
   • 操作建议：员工可以首先尝试与公司进行协商，表达自己对甲流期间继续上班的担忧，并要求公司提供必要的防护措施，如提供口罩、消毒液等，或者调整工作安排，如实行弹性工作制、远程办公等。

2. 向相关部门投诉举报：

   • 法律依据：如果公司拒绝协商或未采取有效措施保护员工健康，员工可以向当地劳动监察部门或卫生健康部门投诉举报。这些部门有权对公司进行监督检查，并责令其改正违法行为。
   • 操作建议：员工在投诉举报时，应提供详细的证据，如公司的工作安排通知、工作环境照片或视频等，以证明公司存在违法行为。

3. 申请劳动仲裁：

   • 法律依据：如果因公司要求继续上班而导致员工感染甲流或其他健康损害，员工可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担相应的赔偿责任。
   • 操作建议：在申请仲裁前，员工应收集好相关证据，如医疗证明、工作记录、工资单等，以证明自己的损失和公司的过错。同时，员工也可以咨询专业律师，了解自己的权益和仲裁流程。

4. 提起诉讼：

   • 法律依据：如果劳动仲裁结果不满意或公司拒绝履行仲裁裁决，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
   • 操作建议：在提起诉讼前，员工应准备好充分的证据材料，并咨询专业律师，了解诉讼流程和可能的风险。在诉讼过程中，员工应积极配合律师的工作，提供必要的协助和支持。

额外建议：

• 关注健康监测：员工在甲流期间应密切关注自己的身体状况，如出现发热、咳嗽等症状，应及时就医并告知公司。
• 保留证据：员工应保留好与甲流期间工作相关的所有证据，如工作记录、医疗证明、通信记录等，以备不时之需。
• 寻求法律援助：如果员工在处理甲流期间的工作问题时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律援助和咨询。

后续行动：

如果您在甲流期间被公司要求继续上班，并因此感到担忧或受到健康损害，请及时采取上述措施来保护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。