聘用制书记员与用人单位之间的纠纷，一般属于劳动纠纷，但在特定情况下也可能涉及人事争议纠纷。以下是对这一问题的详细分析：

劳动纠纷角度

1. 劳动关系本质：聘用制书记员通常是通过与用人单位（如法院、检察院等）签订劳动合同来确立劳动关系的。这种关系受到《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的调整和保护。因此，当聘用制书记员与用人单位之间因劳动合同的履行、变更、解除或终止等产生争议时，这些争议自然属于劳动纠纷的范畴。

2. 常见争议类型：劳动纠纷可能涉及工资支付、工作时间、休息休假、社会保险、福利待遇、劳动保护、劳动条件、职业培训、劳动纪律以及劳动合同的解除和终止等多个方面。聘用制书记员与用人单位之间的争议，如果涉及这些方面，同样应被视为劳动纠纷。

人事争议纠纷角度（特定情况）

1. 人事关系特殊性：虽然聘用制书记员通常通过劳动合同与用人单位建立劳动关系，但在某些特定情况下，如聘用制书记员是通过公务员招录程序进入单位，并享受公务员相关待遇的（尽管这种情况较为罕见，且通常会有明确的身份界定和合同条款说明），那么其与用人单位之间的争议可能涉及人事管理方面的规定，从而构成人事争议纠纷。不过，这种情况下的“聘用制书记员”实际上可能更接近于公务员或参照公务员管理的人员，其身份和待遇与普通的聘用制书记员存在显著差异。

2. 争议内容差异：人事争议纠纷通常涉及职务任免、职称评定、工资调整、考核奖惩等人事管理事项。如果聘用制书记员与用人单位之间的争议涉及这些方面，且该书记员确实属于享受公务员待遇或参照公务员管理的人员，那么这些争议可能被视为人事争议纠纷。但如前所述，这种情况在聘用制书记员中较为罕见。

实际操作建议

1. 明确身份和合同条款：对于聘用制书记员来说，首先应明确自己的身份和与用人单位签订的合同条款。如果合同明确规定了双方的权利和义务，且这些权利和义务受到《劳动法》和《劳动合同法》的调整和保护，那么双方之间的争议应被视为劳动纠纷。

2. 寻求专业法律帮助：如果聘用制书记员与用人单位之间的争议无法通过协商解决，且争议内容涉及复杂的法律问题或人事管理规定，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况分析争议的性质和适用法律，为当事人提供有针对性的法律建议和解决方案。

总结来说，聘用制书记员与用人单位之间的纠纷一般属于劳动纠纷，但在特定情况下（如涉及享受公务员待遇或参照公务员管理的人员）也可能涉及人事争议纠纷。因此，在处理这类纠纷时，应首先明确争议的性质和适用法律，以便采取正确的解决策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。