在综合工时制下，休息时间通常不算在工时里。以下是对此问题的详细分析：
一、综合工时制的基本特点
综合工时制是一种特殊的工时制度，它以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。这种制度的特点在于，它允许在周期内的工作时间有一定的灵活性，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在综合工时制下，劳动者的休息和休假权利依然受到法律的严格保护。
二、休息时间的性质与规定
休息时间的性质：
- 休息时间是劳动者在连续工作一定时间后，为了恢复体力和精力而享有的时间。它不同于工作时间，是劳动者的一种基本权利。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是法律对劳动者休息权益的基本保障，综合工时制也不例外。
- 此外，劳动者还享有带薪年休假的权利，根据《职工带薪年休假条例》，连续工作满一年的职工有权享受带薪年休假。
三、休息时间是否算入工时的分析
一般情况：
- 在综合工时制下，休息时间通常不被计入工时。这是因为休息时间是劳动者为了恢复体力和精力而享有的时间，它并不直接属于履行工作职责的时间。
特殊情况：
- 尽管休息时间通常不计入工时，但在某些特殊情况下，如劳动者在休息时间内被要求处理工作相关事务，或者由于工作性质的特殊性（如紧急救援、保安值班等）而需要在休息时间内坚守岗位，那么这部分时间可能会被视为工作时间的一部分。然而，这种情况需要具体分析，并且通常会在劳动合同或规章制度中明确约定。
四、实际操作中的考量因素
工资支付：
- 劳动者在休息时间内享有带薪待遇，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付休息日工资报酬（如带薪年休假期间的工资）。这确保了劳动者在享受休息的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。
工时统计与管理：
- 用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和休息时间等不同的时间类别。这有助于确保工时计算的准确性和合规性，并在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
合理安排工作与休息：
- 用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。这有助于提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
总结与建议：在综合工时制下，休息时间通常不算在工时里。然而，在实际操作中，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息和休假权利得到有效保障。如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询，以便获得更具体的法律建议。