关于农民工工资约定逾期每天赔偿2%的合法性，需要分情况讨论：
若该约定在劳动合同或书面协议中明确，且不违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项。若双方在劳动合同或书面协议中明确约定了工资支付时间，以及逾期支付的赔偿标准（如每天赔偿2%），且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不高于法定利率上限，不损害劳动者基本权益等），则该约定是合法的，对双方具有约束力。
- 但需注意，赔偿标准（每天2%）可能相对较高，若在实际执行中引发争议，法院或仲裁机构可能会根据具体情况进行适当调整，以确保赔偿金额的合理性。
若该约定未在劳动合同或书面协议中明确，或违反法律法规强制性规定：
- 若双方未在劳动合同或书面协议中明确约定工资支付时间及逾期赔偿标准，或该约定违反了法律法规的强制性规定（如赔偿标准过高，损害了劳动者的基本权益），则该约定可能被视为无效。
- 在这种情况下，劳动者仍有权要求用人单位按时支付工资，并可依据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，要求用人单位支付逾期支付的利息或赔偿金，但具体标准需由法律或司法解释规定，而非双方自行约定。
法律建议：
- 对于农民工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付时间、逾期赔偿等关键条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 若发现用人单位存在逾期支付工资或违反合同约定的情况，应及时与用人单位沟通协商，要求其按时支付工资并履行赔偿义务。
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，或依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若用人单位违反劳动合同约定或法律法规规定，逾期支付工资或拒绝履行赔偿义务，可能面临劳动监察部门的处罚、劳动争议仲裁机构的裁决以及法院的判决，要求其支付拖欠的工资、赔偿金及可能产生的利息等费用。
总结：农民工工资约定逾期每天赔偿2%的合法性取决于该约定是否在劳动合同或书面协议中明确，以及是否违反法律法规的强制性规定。若约定合法有效，则对双方具有约束力；若约定无效或违法，则劳动者仍有权依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。