结论前置：
详细分析：
一、法律依据与劳动者权益
根据《劳动法》和《劳动合同法》，劳动者享有取得劳动报酬的权利。工资是劳动者通过劳动所应获得的报酬，用人单位应当按月以货币形式支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除两天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
二、规章制度的有效性
用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定，那么该规定对劳动者不具有法律效力。因此，如果公司规章制度中明确规定了旷工一天扣两天工资，但这一规定未经民主程序制定或未向劳动者公示告知，那么该规定是无效的。
三、经济损失与赔偿
如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。因此，即使劳动者旷工给公司造成了损失，公司也不能随意扣除工资，而是需要遵循法律规定的扣除限额。
四、合法合理的处理方式
对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。旷工一天扣两天工资的做法显然超出了合理范围，因此是不合法的。
五、劳动者的维权途径
如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
建议与总结：
对于劳动者而言，如果遇到旷工一天扣两天工资的情况，首先应当查看公司的规章制度是否明确规定了这一处罚措施，并确认该规章制度是否经过了民主程序制定和公示告知。如果规章制度存在问题或扣除工资不合理，劳动者可以与用人单位协商解决或向相关部门投诉。对于用人单位而言，应当制定合法、合理、公正的规章制度，并严格按照法律规定执行，以维护劳动者的合法权益和公司的良好形象。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。