合同约定逾期支付工程价款按千分之二每天计算是否合法，需结合具体情况判断，但通常若该约定未过分高于实际损失，且符合相关法律法规，则合法有效。以下从多个角度进行分析：
一、合同约定与法律规定
合同约定：
- 合同双方在签订合同时，有权自主约定逾期付款的违约金比例或金额。只要该约定不违反法律法规的强制性规定，双方就应按照合同约定执行。因此，若合同中明确约定了逾期支付工程价款按千分之二每天计算违约金，且该约定不违反法律，那么该约定是合法有效的。
法律规定：
- 根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但同时，该条款也规定了约定的违约金过分高于或低于实际损失的，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当调整。
- 在建设工程合同纠纷中，若合同未约定逾期付款违约金或计算方法，可参照相关司法解释或行业惯例来确定违约金数额。不过，这并不意味着可以随意设定过高的违约金，因为过高的违约金可能被法院或仲裁机构调整。
二、违约金的合理性
- 违约金的数额应具有合理性，不应过高或过低。过高的违约金可能导致违约方承担过重的经济负担，而过低的违约金则可能无法有效弥补守约方的损失。
- 一般来说，违约金的数额不应超过因违约行为所造成的实际损失的30%。如果约定的千分之二每天的违约金计算方式得出的总额超过了实际损失的30%，那么违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。反之，如果约定的违约金过低，不足以弥补守约方的损失，守约方也可以请求增加。
三、实际操作中的建议
合同签订时：
- 在签订建设工程合同时，双方应充分协商并明确约定逾期付款的违约金条款，包括违约金的数额、计算方式及支付期限等。确保违约金条款既具有威慑力又不至于过分苛刻，以维护合同的公平性和可执行性。
纠纷发生时：
- 如果发生逾期付款的情况，双方应首先尝试通过友好协商解决纠纷。协商不成时，守约方可依据合同约定或法律规定向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁请求，以维护自身合法权益。
- 在诉讼或仲裁过程中，违约方可以主张约定的违约金过高，请求法院或仲裁机构适当减少。而守约方则需要提供充分的证据证明其因违约行为所遭受的实际损失，以便法院或仲裁机构在调整违约金时能够作出合理的判断。
举例说明：假设一个建设工程合同中约定了逾期支付工程价款按千分之二每天计算违约金，且该工程价款总额为1000万元。若因逾期付款导致守约方产生了50万元的实际损失（如利息损失、工期延误损失等），那么按照通常的违约金调整标准（不超过实际损失的30%），违约方应支付的违约金数额不应超过15万元（50万元×30%）。如果按照千分之二每天计算得出的违约金数额超过了15万元，那么违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。
综上所述，合同约定逾期支付工程价款按千分之二每天计算是否合法，需结合合同约定、法律规定以及违约金的合理性等多个因素进行综合判断。在实际操作中，双方应谨慎约定违约金条款，并在发生纠纷时及时寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。