逾期付货款违约金按每日万分之五计算是否合法，不能一概而论，需结合具体合同类型、实际损失情况、法律法规的强制性规定以及合同双方的自愿性等多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同双方自愿约定且未违反法律法规强制性规定

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法。这意味着，如果合同双方在平等、自愿的基础上，明确约定了逾期付款违约金为每日万分之五，且该约定没有违反法律法规的强制性规定，也没有损害国家、集体或第三人的利益，那么该约定通常是合法有效的。在此情况下，违约方需按照该约定支付违约金。

二、违约金是否过高的判断

虽然合同双方可以约定违约金，但法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。如果违约金的数额超过了实际损失的30%，则可能被视为过高。对于每日万分之五的违约金比例，其是否过高取决于合同金额、违约期限及实际损失等具体情况。例如，若合同金额较大，违约期限较长，且实际损失较小，那么每日万分之五的违约金比例可能相对较高，违约方可以请求法院适当减少。反之，如果实际损失较大，且该比例并未过分高于实际损失，则可能被视为合理。

三、特殊领域的规定

在某些特殊领域，如金融借款合同中，对违约金与其他费用（如利息、复利）的总和有更为严格的规定。根据相关司法解释，这些费用总计不能超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若每日万分之五的违约金与其他费用合计超过此标准，超出部分可能不会得到法院的支持。因此，在金融借款合同等特殊领域中，需要特别注意违约金与其他费用的总和是否超过法定标准。

四、实际操作建议

1. 合同签订时：双方应充分协商并明确约定逾期付款的违约金条款，包括违约金的数额、计算方式及支付期限等。确保违约金条款既具有威慑力又不至于过分苛刻，以维护合同的公平性和可执行性。
2. 纠纷发生时：如果发生逾期付款的情况，双方应首先尝试通过友好协商解决纠纷。协商不成时，守约方可依据合同约定或法律规定向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁请求，以维护自身合法权益。在提起诉讼或仲裁时，应提供充分的证据证明实际损失情况，以便法院或仲裁机构准确判断违约金是否过高或过低。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，约定乙方向甲方购买一批货物，总价款为100万元。合同中明确约定，若乙方逾期付款，需按每日万分之五的标准向甲方支付违约金。后因乙方资金周转问题，逾期付款30天。在此情况下，若甲方因乙方逾期付款而遭受的实际损失（如资金占用成本、利息损失等）未超过违约金数额（即100万×0.0005×30=1.5万元）的30%（即4500元），则该违约金约定通常被认为是合法有效的。若实际损失远低于此数额，乙方可以请求法院适当减少违约金；若实际损失高于此数额且违约金不足以弥补损失，甲方可以请求增加违约金。

综上所述，逾期付货款违约金按每日万分之五计算是否合法需根据具体情况判断。在签订合同时，双方应充分考虑实际损失情况、合同类型及法律法规的要求，合理约定违约金比例或数额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。