工程合同中约定违约金每天按拖欠金额的千分之五计算，其合法性需结合具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定层面
违约金约定的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为工程合同中约定违约金提供了法律依据。
违约金的调整权：
- 法律同时规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，虽然合同双方可以约定违约金，但法院或仲裁机构在违约金过分高于实际损失时，有权进行调整。
“过分高于”的参考标准：
- 虽然民法典未明确“过分高于”的具体标准，但司法实践中，一般参照《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》中的规定，即违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为“过分高于”。
二、司法实践考量
实际损失与违约金的比较：
- 在判断违约金是否合法时，核心在于比较违约金数额与守约方实际损失的关系。如果工程质量问题导致的实际损失严重，且每日千分之五的违约金并未过分高于此损失，则该约定通常有效。
- 例如，若因工程质量问题导致工程延期，给发包方造成了较大的经济损失，且该损失与每日千分之五的违约金数额相当或略低，则该违约金约定可能被视为合法。
法院的调整权力：
- 在实际操作中，如果约定的违约金明显高于实际损失（如仅为小瑕疵却要求高额违约金），法院会根据公平原则、诚实信用原则等综合考虑，并可能依法对违约金进行调整。
- 例如，若工程质量问题仅为轻微瑕疵，未对工程造成实质性影响，但合同中约定的违约金却高达每日千分之五，此时法院可能会认为该违约金约定过高，并依法进行调整。
避免惩罚性违约金：
- 过高的违约金可能被视为具有惩罚性，这与违约金应具有的补偿性质相悖。因此，合同双方在约定违约金时，应确保其合理性，避免约定过高的违约金。
三、实际操作建议
合理约定违约金：
- 在签订工程合同时，双方应充分考虑工程特点、潜在风险及可能造成的损失，合理约定违约金的数额和计算方式。避免约定过高或过低的违约金，以确保合同的公平性和有效性。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，双方应妥善保留与工程质量、违约情况等相关的证据。这些证据在发生纠纷时，将有助于证明实际损失和违约金的合理性。
及时寻求法律帮助：
- 如果对违约金的合法性或合理性存在疑问，或者发生纠纷后无法协商解决，建议及时向我咨询或寻求其他法律帮助。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。
总结来说，工程合同中约定违约金每天按拖欠金额的千分之五计算，其合法性并非绝对，而是需要根据实际损失与约定违约金之间的合理性关系进行综合判断。如果约定的违约金与实际损失相符或不过分高于实际损失，则通常被认定为合法；反之，则可能被视为过高，并面临法院或仲裁机构的调整。因此，在签订工程合同时，双方应谨慎约定违约金，并确保其合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。