建筑工程中约定违约金按日万分之五是否合法，需结合具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定层面
违约金约定的合法性基础：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为建筑工程中约定违约金提供了法律依据。
违约金的调整权：法律同时规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，虽然双方可以约定违约金，但如果约定的违约金过高，法院或仲裁机构有权进行调整。
二、具体标准考量
“过分高于”的参考标准：虽然民法典未明确“过分高于”的具体标准，但司法实践中，通常会参考《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》中的规定，即违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为“过分高于”。然而，这一标准并非绝对，还需结合具体案情和行业惯例进行判断。
日万分之五的违约金是否过高：对于建筑工程中约定的日万分之五的违约金，是否过高需结合实际损失、合同履行情况、行业惯例等多方面因素进行综合考量。如果该违约金并未过分高于因违约造成的实际损失，且符合行业惯例和公平原则，则通常会被认定为合法。
三、司法实践角度
实际损失的重要性：在司法实践中，法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会重点考虑违约行为给守约方造成的实际损失。如果实际损失较小，而约定的违约金过高，则法院或仲裁机构很可能会对违约金进行调整。
行业惯例的参考：建筑工程行业有其自身的特点和惯例，法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，也会参考行业内的类似案例和惯例。如果日万分之五的违约金在行业内属于常见且合理的范围，则更有可能被认定为合法。
四、实际操作建议
合理约定违约金：在签订建筑工程合同时，双方应充分考虑工程特点、潜在风险及可能造成的损失，合理约定违约金的数额和计算方式。避免约定过高或过低的违约金，以减少后续纠纷的风险。
保留相关证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与违约行为、实际损失等相关的证据。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用。
及时寻求法律帮助：如果双方对违约金的约定或实际履行过程中产生争议，应及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为你提供详细的法律分析和建议，帮助你维护自身合法权益。
总结来说，建筑工程中约定违约金按日万分之五是否合法，需结合具体案情、实际损失、行业惯例等多方面因素进行综合判断。如果双方在约定违约金时能够充分考虑这些因素，并遵循公平、合理的原则，则更有可能避免后续纠纷的发生。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。