违约金日万分之五在货物买卖合同中通常是合法的，但具体合法性需结合多种因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法性基础

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法。这意味着，只要合同双方在平等、自愿的基础上约定了违约金为日万分之五，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，该约定通常是有效的。

二、实际损失考量

法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。如果违约金的数额超过了实际损失的30%，则可能被视为过高。但日万分之五的违约金比例并不必然导致违约金过高，这取决于合同金额、违约期限及实际损失等具体情况。例如，若合同金额较大，违约期限较长，且实际损失接近或超过日万分之五计算的违约金，则该比例可能是合理的。

三、特殊领域限制

在某些特殊领域，如金融借款合同中，违约金与利息、复利等总计不能超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若日万分之五的违约金与其他费用合计超过此标准，超出部分可能不会得到法院的支持。但在一般的货物买卖合同中，通常不受此限制。

四、违约金调整机制

若日万分之五的违约金比例导致违约金过高，给违约方造成了不合理的负担，违约方可以请求法院适当减少。反之，如果约定的违约金过低，不足以弥补守约方的损失，守约方也可以请求法院增加违约金。这一调整机制确保了违约金的合理性和公平性。

五、实例说明

假设一份货物买卖合同中，双方约定了日万分之五的违约金比例。若卖方逾期交货，导致买方产生了额外的仓储费用、运输费用等实际损失，且这些损失与日万分之五计算的违约金相当或略低，则该违约金比例可能是合理的。但若实际损失远低于日万分之五计算的违约金，卖方则可能请求法院减少违约金数额。

建议：

1. 在签订货物买卖合同时，双方应充分考虑实际损失情况、合同类型及法律法规的要求，合理约定违约金比例或数额。
2. 若发生违约纠纷，应及时收集相关证据，如合同、交货单、损失清单等，以便在协商、调解或诉讼中维护自己的合法权益。
3. 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。