合同约定的违约金每天千分之一是否合法，不能一概而论，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一般民事合同中的违约金
- 原则有效：在一般的民事合同中，双方当事人遵循意思自治原则，可以自行约定违约金的数额或计算方式。如果双方在平等、自愿、公平的基础上达成一致，约定每日千分之一的违约金，这一约定在法律层面通常是有效的。
- 可能调整：然而，如果因违约金纠纷诉至法院，法院会对约定的违约金进行审查。若一方认为违约金过高并请求调整，法院会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。特别是当每日千分之一的违约金换算成年化利率达到较高水平（如36.5%）时，在很多情况下会被认为过高，法院可能会酌情将其调整至合理水平。通常，法院会参考民间借贷利率司法保护上限等标准，如一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，来判定违约金是否过高。
特殊合同（如金融借款合同）中的违约金
- 更严格规范：在金融借款合同等特殊合同中，由于金融监管政策及相关法律的严格规定，对违约金的收取有更为严格的限制。每日千分之一的违约金可能因违反监管规定或被认定为过高而不被支持。金融机构在设置违约金条款时，必须遵守监管部门关于利率、费用等方面的具体规定。
违约金与实际损失的关系
- 实际损失为参考：无论何种类型的合同，违约金的合理性都应以违约行为给守约方造成的实际损失为参考依据。如果违约金过分高于实际损失，法院或仲裁机构有权根据当事人的请求进行调整。
- 调整规则：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。通常，当约定的违约金超过造成损失的百分之三十时，可能被认定为“过分高于造成的损失”。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果乙方逾期付款，需按每日千分之一支付违约金。后来乙方逾期付款，甲方要求乙方支付违约金。如果甲方因乙方逾期付款所遭受的实际损失仅为资金被占用的利息损失，且该利息损失远低于按每日千分之一计算的违约金数额，那么乙方可以请求法院调整违约金数额。
建议：
- 在签订合同时，双方应充分协商并明确违约金的计算方式和数额，确保其既符合法律法规的要求，又能有效保护双方的合法权益。
- 如果对违约金的合理性存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，合同约定的违约金每天千分之一是否合法，取决于合同类型、双方当事人的约定、实际损失情况以及法律适用等多个因素。在实际操作中，建议当事人在签订合同时应充分考虑违约金的合理性，并确保其符合相关法律法规的规定。