合同中约定违约万分之一一天违约金，其合法性需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定的自主性
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，合同双方在签订合同时，有权自主约定违约金的数额或计算方式，只要该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，且不存在显失公平等可撤销情形，即为合法有效。
二、违约金的合法范围与调整
合法范围：虽然法律没有明确规定违约金的绝对数额上限，但通常认为，违约金的数额应与违约行为给对方造成的实际损失相匹配。如果约定的违约金过分高于实际损失，可能面临被法院或仲裁机构调整的风险。
过高或过低的调整：
三、每日违约金的具体计算与实践
按日计算：在合同中约定按日计算违约金时，每日的违约金金额应遵循上述合法范围，即不超过因违约行为造成的实际日损失的百分之三十。例如，如果违约行为每天给对方造成的实际损失是100元，那么每天约定的违约金原则上不应超过30元。
特殊情况：虽然某些情况下，双方可能会约定较高的每日违约金比例（如您提到的万分之一，即0.01%），但只要该约定不违反法律法规的强制性规定，且在后续执行中不被认定为“过分高于造成的损失”，即可视为合法。然而，若根据该约定计算出的违约金数额确实过高，当事人仍有权请求人民法院或仲裁机构予以减少。
四、实际案例与应用
假设一个合同中约定，如果一方违约，需按每日万分之一的比例支付违约金。若该合同标的额为100万元，则每日违约金为100元。如果违约行为持续了30天，那么总违约金为3000元。此时，需要判断这3000元是否与违约行为给对方造成的实际损失相匹配。如果实际损失远低于3000元，那么该违约金可能被视为过高，面临被调整的风险。
五、建议
明确约定：在签订合同时，双方应明确约定违约金的相关事项，包括数额或计算方式、支付条件等，以确保合同的严肃性和可执行性。
合理评估：在约定违约金时，双方应合理评估违约行为可能给对方造成的实际损失，避免约定过高或过低的违约金。
及时咨询：若在实际履行过程中发生争议，建议及时向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。
综上所述，合同中约定违约万分之一一天的违约金，其合法性需根据合同约定、实际损失、法律法规以及司法实践等多方面因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。