每日千分之三的违约金是否违法，不能一概而论，而是需要根据具体的合同类型、双方当事人的约定、实际损失情况以及法律适用等多方面因素进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般民事合同中的违约金

   • 原则有效：在民事合同中，双方当事人遵循意思自治原则，可以自行约定违约金的数额或计算方式。如果双方在平等、自愿、公平的基础上达成一致，约定每日千分之三的违约金，该约定原则上是有效的。
   • 可能调整：然而，如果因违约金纠纷诉至法院，法院会对约定的违约金进行审查。若一方认为违约金过高并请求调整，法院会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。特别是当每日千分之三的违约金换算成年化利率达到较高水平（即365天×0.3%=109.5%，远超民间借贷利率司法保护上限，目前为一年期LPR的四倍，约15%左右，具体数值会随时间变动）时，在很多情况下会被认为过高，法院可能会酌情将其调整至合理水平。

计算公式示例：若合同金额为100万元，每日千分之三的违约金，则每日违约金为3000元，一年违约金为3000元×365天=1,095,000元，年化违约金率高达109.5%。

1. 特殊合同（如金融借款合同）中的违约金

   • 更严格规范：在金融借款合同等特殊合同中，由于金融监管政策及相关法律的严格规定，对违约金的收取有更为严格的限制。每日千分之三的违约金可能因违反监管规定或被认定为过高而不被支持。金融机构在设置违约金条款时，必须遵守监管部门关于利率、费用等方面的具体规定。

2. 违约金与定金的关系

   • 选择适用：如果合同中同时约定了违约金和定金，根据法律规定，当事人在违约时只能选择其中之一来主张。这意味着，即使合同中约定了每日千分之三的违约金，如果还同时存在定金条款，且定金足以弥补损失，那么当事人可能无法同时主张违约金和定金。

总结与建议：

• 在签订合同时，双方应充分考虑违约金的合理性，确保其符合相关法律法规的规定，避免约定过高或过低的违约金。
• 如果发生违约纠纷，建议及时向我咨询，以便根据具体情况分析违约金的合法性，并制定合理的维权策略。
• 在实际操作中，如果认为约定的违约金过高或过低，可以在诉讼或仲裁过程中提出调整请求，由法院或仲裁机构根据具体情况进行裁决。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。