针对您提出的“甲方逾期付款违约金按每日十万分之一合法吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，要明确的是，逾期付款违约金的合法数额并非固定不变，而是需要依据合同中的具体约定以及实际损失情况，同时参照相关法律法规和司法解释来确定。
一、合同有明确约定的情况
合同自治原则：如果合同双方对逾期付款违约金的计算方式有明确且具体的约定，并且这个约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么一般应按照该约定来执行。例如，若合同中明确约定逾期付款违约金为每日万分之五，那么此约定通常是有效的，违约方需要按照这个标准来支付违约金。
调整情形：然而，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果约定的违约金过分高于或低于实际造成的损失，当事人可以请求人民法院或仲裁机构进行适当调整。在司法实践中，如果违约金超过造成损失的30%，可能会被认定为“过分高于造成的损失”。
二、合同无约定或约定不明确的情况
法定标准：当合同中没有约定逾期付款违约金或其计算方法时，根据相关司法解释，出卖人可以主张按照一定的标准来计算逾期付款损失。具体来说，如果违约行为发生在2019年8月19日之前，可以以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准来计算；如果违约行为发生在2019年8月20日之后，则可以以违约行为发生时中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准为基础，加计30%—50%来计算逾期付款损失。
参照金融机构标准：在无明确约定的情况下，当事人也可以主张违约金参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准来计算。
以实际损失为基础：无论是合同有约定还是无约定，法院或仲裁机构在判断违约金是否合理时，都会以实际损失为基础，综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度等因素。一般来说，违约金的数额不应超过实际损失的30%。
三、针对您问题的具体分析
现在，我们回到您的问题上来：“甲方逾期付款违约金按每日十万分之一合法吗？”
如果合同中明确约定了逾期付款违约金为每日十万分之一，并且这个约定不违反法律、行政法规的强制性规定，同时也没有过分高于或低于实际造成的损失，那么这个约定是合法的。
但是，如果合同中没有这样的约定，或者约定的违约金过分高于或低于实际造成的损失，那么当事人可以请求人民法院或仲裁机构进行适当调整。
综上所述，逾期付款违约金每日的合法数额是一个动态的概念，它取决于合同中的约定、实际损失情况以及相关法律法规和司法解释的规定。在处理相关纠纷时，应综合考虑各种因素，以确保违约金的合理性及合法性。因此，无法直接判断“甲方逾期付款违约金按每日十万分之一”是否合法，而需要根据具体情况进行综合分析。