在行政诉讼中，若行政机关自己撤销了原行政决定，但原告仍坚持诉讼要求确认原行政行为违法，法院会根据具体情况作出不同的判决，具体如下：

1. 确认违法但保留撤销效果（理论上不直接保留，但通过其他方式体现）：

   • 情形分析：虽然行政机关已自行撤销原行政行为，但若该行为在撤销前存在程序违法，且这种违法对原告的权利产生了实际影响，或者撤销该行为会给国家利益、社会公共利益造成重大损害（尽管此情形下行政机关可能不会自行撤销，但为全面分析仍予提及），法院在原告坚持诉讼的情况下，会判决确认原行政行为违法。不过，由于行政机关已自行撤销，法院通常不会直接判决“不撤销”而保留其效力，而是通过确认违法来体现对程序违法的否定评价。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条，该条款规定了行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，或撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害时，法院判决确认违法但不撤销行政行为的情形。尽管行政机关已自行撤销，但法院确认违法的判决仍是对原行为违法性的法律认定。

2. 判决被告采取补救措施：

   • 情形分析：若原行政行为程序违法给原告造成了一定的不利影响，即使行政机关已自行撤销，法院也可能根据案件具体情况，判决被告采取相应的补救措施，以弥补程序违法给原告造成的不利影响。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施。

3. 判决赔偿损失：

   • 情形分析：如果原行政行为程序违法给原告造成了实际损害，且原告在行政诉讼中一并提出赔偿请求，法院在判决确认行政行为违法的同时，会根据原告所受损失情况，判决被告给予相应的赔偿。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。

4. 特殊情形下的确认违法判决：

   • 情形分析：若原行政行为违法，但不具有可撤销内容（如行为已完成，无法恢复原状），或被告改变原违法行政行为而原告仍要求确认原行政行为违法，或被告不履行或拖延履行法定职责且判决履行无意义，法院也会判决确认违法。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第二款，行政行为有下列情形之一，不需要撤销或者判决履行的，人民法院判决确认违法：（一）行政行为违法，但不具有可撤销内容的；（二）被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的；（三）被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。

举例说明：

• 假设某行政机关对某企业作出了错误的行政处罚决定，后在诉讼中自行撤销了该决定。然而，企业认为原处罚严重损害了其声誉，坚持要求法院确认原处罚行为违法。此时，法院将依法作出确认违法的判决，并可能根据企业受损情况判决行政机关给予相应赔偿。
• 假设某行政机关未在法定期限内对某公民的行政许可申请作出决定，后在公民提起诉讼前自行纠正（但已超过法定期限）。公民认为行政机关的不作为给自己造成了损失，坚持诉讼。此时，法院可能判决确认行政机关原不作为行为违法，并判决其采取补救措施或赔偿损失。

总结与建议： 在行政诉讼中，即使行政机关已自行撤销原行政行为，原告仍坚持诉讼要求确认违法的，法院会根据原行政行为的违法性质、后果及对原告权利的影响等因素，依法作出相应的判决。因此，建议当事人在遇到此类情况时，及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。