在行政诉讼中，如果被告变更了行政行为，但变更后的行政行为依然违法，法院会根据具体情况作出相应的判决。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 判决撤销或部分撤销变更后的行政行为

   • 适用情形：如果变更后的行政行为存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权或明显不当等情形，法院将判决撤销或者部分撤销该行政行为，并可以要求被告重新作出行政行为。例如，行政机关变更后的行政处罚决定仍然缺乏充分证据支持，或者错误地引用了法律条款，法院将依法撤销该处罚决定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条，行政行为有上述情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。

2. 判决确认变更后的行政行为违法

   • 适用情形：如果变更后的行政行为虽然违法，但撤销该行为会给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或者行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，法院将判决确认该行政行为违法，但不撤销该行为。此外，如果变更后的行政行为违法但不具有可撤销内容，或者被告改变原违法行政行为后原告仍要求确认原行政行为违法，法院也会判决确认违法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条，行政行为有上述情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为。

3. 判决确认变更后的行政行为无效

   • 适用情形：如果变更后的行政行为存在实施主体不具有行政主体资格或没有依据等重大且明显违法情形，且原告申请确认行政行为无效，法院将判决确认该行政行为无效。例如，行政机关变更后的行政行为由不具有执法资格的人员作出，或者没有法律依据，法院将依法确认该行为无效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条，行政行为有上述情形之一的，人民法院判决确认无效。

4. 判决被告采取补救措施并承担赔偿责任

   • 适用情形：如果法院判决确认变更后的行政行为违法或无效，且该违法行为给原告造成了损失，法院将同时责令被告采取补救措施，并依法判决被告承担赔偿责任。例如，行政机关变更后的行政行为导致原告财产损失，法院将判决行政机关赔偿原告相应损失。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。

综合建议：

• 在行政诉讼中，如果被告变更了行政行为但变更后的行为依然违法，原告应积极向法院提供证据证明变更后行政行为的违法性。
• 法院在审理此类案件时，会综合考虑各种因素，包括行政行为的合法性、公共利益的保护以及原告的合法权益等，作出最合适的判决。
• 如果原告对法院的判决不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。

作为专业律师，我建议你在遇到此类问题时，及时收集并整理相关证据，以便在诉讼中充分证明自己的主张。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。