核心结论：快递企业主体被多次承包后，员工申请劳动仲裁的关键在于明确劳动关系归属，根据不同情况确定仲裁对象。以下是具体分析：

1. 劳动关系归属的判断

   • 直接与快递企业签订合同：若员工直接与快递企业签订劳动合同，无论企业主体被承包多少次，劳动关系主体始终是该快递企业。员工应直接以该快递企业为被申请人申请劳动仲裁，要求其承担用人单位责任，如支付工资、经济补偿金、缴纳社保等。
   • 与承包方签订合同：若员工与实际承包方签订劳动合同，则劳动关系主体为承包方。此时，员工应以承包方为被申请人申请劳动仲裁。但需注意，若承包方不具备用工主体资格（如个人承包），根据《劳动合同法》第九十四条及《关于确立劳动关系有关事项的通知》第四条，快递企业作为发包方需与承包方承担连带赔偿责任，员工可同时将快递企业和承包方列为被申请人。
   • 未签订书面合同但实际用工：若员工未签订书面合同，但实际为快递企业或承包方提供劳动，需通过工资支付记录、工作证、考勤记录、同事证言等证据证明劳动关系存在。若能证明与快递企业存在事实劳动关系，则以快递企业为被申请人；若证明与承包方存在事实劳动关系，则以承包方为被申请人；若承包方无资质，可同时主张两者连带责任。

2. 仲裁对象的选择策略

   • 优先明确直接用工主体：员工应首先通过劳动合同、工资发放主体、工作安排主体等证据，确定直接用工方。若直接用工方为承包方，且承包方具备用工主体资格（如注册公司），则直接以承包方为被申请人。
   • 防范承包方无资质风险：若承包方为个人或无资质主体，员工需同时将快递企业列为被申请人，要求其承担连带责任。例如，承包方拖欠工资时，员工可主张快递企业支付工资；承包方未缴纳社保时，员工可要求快递企业补缴或赔偿损失。
   • 注意仲裁时效与证据收集：劳动仲裁时效为一年，自员工知道或应当知道权利被侵害之日起计算。员工需及时收集证据（如劳动合同、工资条、工作记录、沟通记录等），避免因证据不足导致败诉。

3. 特殊情形处理

   • 多次承包导致主体复杂：若快递企业主体被多次承包（如A承包给B，B再承包给C），员工需追溯至最终实际用工方。若中间承包方均无资质，员工可主张所有发包方（包括快递企业）承担连带责任。
   • 承包方跑路或失联：若承包方失联或无力赔偿，员工可优先向快递企业主张权利，要求其基于发包方责任先行垫付或赔偿，再由快递企业向承包方追偿。

行动建议：员工应尽快整理劳动关系证据，明确用工主体，根据上述分析确定仲裁对象。若对证据收集或仲裁对象选择有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体证据和当地司法实践，为您提供详细指导。