员工睡岗工资考核1000元是否合法，需综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 用人单位的处罚权：

   • 用人单位作为民事主体，并不具备行政处罚权。罚款本质上属于行政处罚，只能由行政机关或法律授权的组织行使。因此，从这一角度看，用人单位直接对员工进行高额罚款（如1000元）可能涉及合法性问题。

2. 规章制度的合法性与合理性：

   • 公司规章制度的制定应经过法定程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，且需向劳动者公示或告知。未经此程序制定的规章制度，对员工不具有约束力。
   • 规章制度中若包含罚款条款，该条款应合理且明确，罚款金额应与员工的过错程度相适应。

3. 罚款金额的限制：

   • 罚款金额应合理，不能过高以至于严重影响员工的基本生活。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，即使员工因不当行为被罚款，罚款金额也不能超过其当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

4. 具体情况分析：

   • 若公司规章制度中明确规定了睡岗的罚款标准，且该规章制度已经过法定程序制定并公示，同时罚款金额符合上述限制，则公司有权按照规章制度对员工进行罚款。
   • 若公司规章制度中未明确规定睡岗的罚款标准，或规章制度制定程序不合法，或罚款金额超出上述限制，则公司无权对员工进行罚款，或罚款行为可能被视为不合法。

综上所述，员工睡岗工资考核1000元是否合法，取决于公司规章制度的合法性、罚款金额的合理性以及员工行为等多个因素。若您对此类问题存在疑问或争议，建议与公司进行沟通协商，或向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。在处理过程中，应确保提供充分证据来支持自己的主张。