当职工在医疗期满后仍在治疗，且此时劳动合同到期时，我们可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定来处理这一问题，确保职工的合法权益得到充分保障。
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条和第四十五条，劳动者在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。若劳动合同期满时，劳动者仍处于医疗期，劳动合同应续延至医疗期结束时终止。这一规定体现了法律对劳动者在患病或非因工负伤期间的特殊保护。
二、医疗期内的处理方式
劳动合同自动续延：
- 当劳动合同在医疗期内到期时，无论原合同期限是否已届满，用人单位都必须续延劳动合同至医疗期满。这是法律的强制性规定，旨在确保劳动者在医疗期间不会因合同到期而失去工作保障。
医疗期满后的处理：
- 恢复工作：若医疗期满后，劳动者能够恢复正常工作，用人单位应继续履行原劳动合同，或双方可协商续签新的劳动合同。
- 不能从事原工作：若劳动者医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以依法解除劳动合同。但在此情况下，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资作为代通知金，并按照《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定支付经济补偿。
三、经济补偿标准
一般经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，若劳动合同期满终止且用人单位决定不续签，或劳动者因医疗期满不能从事原工作而被解雇，用人单位应按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资标准是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
特殊医疗补助：
- 若劳动者因病被解除劳动合同，且经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作或另行安排的工作，用人单位除支付一般经济补偿外，还应根据相关规定支付不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病和绝症的劳动者，医疗补助费还需相应增加。
四、特殊情况与注意事项
- 特殊疾病与长期治疗：对于患有重大疾病或需要长期治疗的劳动者，医疗期可能相对较长。在此情况下，用人单位应与劳动者充分沟通，根据实际情况和法律法规做出合理安排，如协商延长医疗期、调整工作岗位等。
- 保留证据与遵守程序：用人单位在处理此类问题时，应妥善保留劳动者的医疗证明、劳动合同等相关证据，以备不时之需。同时，在解除或终止劳动合同时，必须严格遵守法定程序，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 关注政策变化：劳动法律法规可能随时间而调整，用人单位应及时关注相关政策变化，确保自身行为的合法性。
五、结论与建议
综上所述，当职工在医疗期满后仍在治疗且劳动合同到期时，用人单位应严格遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，续延劳动合同至医疗期满，并根据医疗期满后的具体情况做出相应的处理。在处理过程中，用人单位应确保劳动者的合法权益得到充分保障，包括支付必要的经济补偿和医疗补助费。同时，建议用人单位与劳动者保持良好沟通，共同构建和谐稳定的劳动关系。